وقد حذر منها وكشف عوارها وسمومها جماعة من أهل العلم ، على رأسهم شيخ الإسلام ؛ إذ قال في أصحابها :" وهم على طريقة هؤلاء العبيدين ذرية عبيد الله بن ميمون القداح " ، ثم قال : " فهل ينكر أحد ممن يعرف دين المسلمين، أو اليهود ، او النصارى أن ما يقوله أصحاب " رسائل إخوان الصفا " مخالف للملل الثلاث ، وإن كان في ذلك من العلوم الرياضية و الطبيعية ، وبعض المنطقية والإلهية ، وعلوم الأخلاق ، والسياسة ، والمنزل ما لا ينكر ، فإن في ذلك مخالفة الرسل فيما أخبرت به ، وأمرت به ، والتكذيب بكثير مما جاءت به ، وتبديل شرائع الرسل كلهم بما لا يخفى على عارف بملة من الملل ؛ فهؤلاء خارجون عن الملل الثلاث(1) .

والمطبوع من رسائل اخوان الصفاء أربعة مجلدات :

الأول : القسم الرياضي وفيه أربع عشرة رسالة .

الثاني : الجسمانيات الطبيعيات وفيه اثنا عشر رسالة .

الثالث : الجسمانيات الطبيعيات والنفسانيات العقليات وفيه إحدى عشرة رسالة

الرابع : العلوم الناموسية الإلهية والشرعية وفيه إحدى عشرة رسالة .