ومن تصانيف الإمام فخر الدين: «التفسير» الذي له، وهو في ستة وعشرين مجلدا ذكر تفسير الفاتحة منه في مجلدة وهو على تجزئة الفاتحة في أكثر من ثلاثين مجلدا، وأكمل التفسير على المنبر املاء. «تفسير سورة البقرة، على الوجه العقلي لا النقلي. أسرار التنزيل وأخبار التأويل. نهاية العقول في أصول الدين، يكون في أربع مجلدات. المطالب العالية في الأصول أيضا في أربعة كبار. كتاب الأربعين في مجلدة كبيرة. المحصل مجلدة. كتاب الخمسين صغير. المعالم في أصول الدين والفقه. الخلق والبعث، مجلدة. تأسيس التقديس، مجلدة. البيان والبرهان في الرد على أهل الزيغ والطغيان. المحصول في أصول الفقه في مجلدين. المنتخب في أصول الفقه، مجلدة. النهاية البهائية في المباحث القياسية. أجوبة المسائل النجارية. الطريقة العلائية في الخلاف، أربع مجلدات. شرح أسماء الله الحسنى. إبطال القياس. الملل والنحل. المباحث العمادية في المطالب المعادية. تحصيل الحق. عيون المسائل.
إرشاد النظار إلى لطائف الأسرار. فضائل الصحابة. القضاء والقدر. ذم الدنيا. نفثة المصدور. إحكام الأحكام. الرياض المؤنقة. عصمة الأنبياء. تعجيز الفلاسفة بالفارسي. الأخلاق. اللطائف الغياثية. الرسالة الكمالية في الحقائق الإلهية بالفارسي عربها تاج الدين الأرموي. رسالة الجوهر الفرد. الآيات البينات في المنطق. ترجيح مذهب الشافعي وأخباره. شرح أبيات الشافعي الأربعة التي أولها: وما شئت كان وإن لم أشأ، أظنه كتاب القضاء والقدر. الزبدة. نهاية الإيجاز. اختصار دلائل الإعجاز. المحرر في النحو. قطعة من شرح الوجيز. شرح المفصل لم يتمه. شرح ديوان المتنبي. شرح سقط الزند. لباب الإشارات. شرح الإشارات. الإشارات. له أيضا شرح نهج البلاغة ولم يتم. الحكمة المشرقية، تكو في ثلاثة. المختص يكون في مجلدين. شرح كليات القانون. الطب الكبير ولم يتم. عيون الحكمة. مصادرات أقليدس. التشريح ولم يتم. النبض. الاختيارات السماوية. السر المكتوم في علم الطلاسم والنجوم.
منتخب درج تنكلوشا، وقيل أنه شرحها. رسالة في النبوات. رسالة في النفس. مباحث الوجود. مباحث الحدود. رسالة في التنبيه على الأسرار المودعة في بعض سور القرآن.
قال أبو علي الحسين الواسطي: سمعت فخر الدين بهراة ينشد على المنبر