ثم كان ورود خبر وفاة ولده أبي بكر بن عمر وكان قد استخلفه في مراكش وتركه مريضا بسبتة، فخشي الفوضى في المغرب فقرر العودة فورا إلى المغرب ويؤكد لنا صاحب القرطاس أنه لولا ذلك المصاب ما عاد يوسف بمثل هذه السرعة (1)

عاد يوسف إلى المغرب ليبدأ خططا جديدة، وترك قوات مرابطية للجهاد تقدر بثلاثة آلاف، رهن تصرف المعتمد بن عباد بقيادة قائده الشجاع سير بن بكر. بعد أن قدم النصح بحرارة لملوك الطوائف بنبذ الفرقة والعمل للوحدة (2) .