شهد الفتح بمصر، واختط بمصر، وولي الإمرة لمعاوية بن يزيد بن معاوية على المغرب، وهو الذي بنى قيروان إفريقية وأنزلها المسلمين، وقتلته البربر بتهوذة من أرض الزاب بالمغرب سنة ثلاث وثمانين، وولده بمصر وبالمغرب، وقيل: سنة ثلاث وستين، وهو الذي قال النبي صلى الله عليه وسلم: " رأيت كأني في دار عقبة بن نافع، فأتينا برطب أبر طاب، فأولتها الرفعة والعافية، وإن ديننا قد طاب لنا. هكذا قال.
ووهم علي بن يونس في نسبه في موضعين، ووهم فيما حكى فيه عن النبي صلى الله عليه وسلم، فإن ذاك عقبة بن رافع، ولذلك قال: إن لنا الرفعة.
وقال أبو نعيم الحافظ: عقبة بن رافع وقيل: ابن نافع بن عبد القيس بن لقيط بن عامر بن أمية بن الحارث بن عامر بن فهر القرشي.
وعن أبي الخير قال: لما فتح المسلمون مصر بعث عمرو بن العاص إلى القرى التي حولها، الخيل تطؤهم، فبعث عقبة بن نافع بن عبد القيس، وكان نافع أخا العاص بن وائل لأمه، فدخلت خيولهم أرض النوبة غزاة، غزوا كصوائف الروم، فلقي المسلمون من النوبة قتالا شديدا، لقد لاقوهم أول يوم، فرشقوهم بالنبل، ولقد جرح منهم عامتهم، وانصرفوا بجارحات كثيرة. وحذق بفقية، سموهم يومئذ رماة الحدق. فلم يزالوا على ذلك حتى ولي مصر عبد الله بن سعد بن أبي سرح، ولاه عثمان، فسألوه الصلح والموادعة، فأجابهم إلى ذلك، فاصطلحوا على غير جزية، على هداية ثلاث مئة رأس في كل سنة، ويهدي إليهم المسلمون طعاما مثل ذلك.