وقد أوصى ولديه الحسن والحسين بتقوى الله والصلاة والزكاة وكظم الغيظ وصلة الرحم والحلم عن الجاهل والتفقه في الدين والتثبت في الأمر والتعاهد للقرآن وحسن الجوار والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر واجتناب الفواحش ووصاهما بأخيهما محمد بن الحنفية ووصاه بما وصاهما به وأن يعظمهما ولا يقطع أمرا دونهما وكتب ذلك كله في كتاب وصيته رضي الله عنه وأرضاه، و قبض في شهر رمضان سنة أربعين ،وقد غسله ابناه الحسن والحسين وعبد الله بن جعفر وصلى عليه الحسن رضي الله عنه .