أسست عام 1368ه في مبنى تعود ملكيته للدولة، مساحته (400) متر مربع تقريبا ويتكون من (13) غرفة؛ عشر غرف للدراسة وثلاث غرف للإدارة، يقع جنوب مسجد قباء، وقد أزيل هذا المبنى في مشروع توسعة خادم الحرمين الشريفين لمسجد قباء عام 1405ه فنقلت المدرسة إلى مبنى مستأجر في حي العصبة وما زالت فيه إلى الآن.

وكانت الدراسة فيها حين افتتاحها وفق نظام ومنهج المدارس القروية الصادر عام 1364ه الخاص بالقرى والمدن الصغيرة التي لا تحتوي على عدد كبير من الطلاب، لأن منطقة قباء حينذاك تعد ضاحية من ضواحي المدينة، أما الآن فإنها متصلة بالمدينة وتعد من أحيائها. وكانت تسمى (المدرسة القروية بقباء) ويبدو أن هذه المدرسة لم تستمر طويلا على نظام المدارس القروية لأن المادة الثالثة منه نصت (على أنه إذا وصل عدد طلاب مدرسة قروية إلى ستين طالبا فأكثر تصبح هذه المدرسة ابتدائية بدلا من قروية ويطبق عليها المنهج الابتدائي، ويكون معلموها بعدد فصولها) (1) . ثم إنه قد تم إلغاء هذا النظام عام 1374ه وهو عهد وزارة المعارف لزوال دواعيه بعد أن تحسنت أحوال القرى والأرياف وتهيأ لها الكثير من وسائل الراحة، وأصبحت المدارس الابتدائية ابتداء من العام المذكور خاضعة لمنهج دراسي موحد.

بلغ عدد تلاميذ المدرسة (34) طالبا عند افتتاحها في عام 1368ه يعلمهم معلم واحد، وتزايد عدد الطلاب في عام 1373ه ليصبح (134) طالبا في خمسة فصول يعلمهم (4) معلمين وطنيين. وكان مديرها في ذلك العام الأستاذ مصطفى الأماسي - يرحمه الله - ومن المعلمين الأستاذ عبد العزيز إدريس.