وكانت بداية تأسيسها فصول ملحقة بثانوية طيبة بدار الخزينة جوار المسجد النبوي. ويبدو أنها نقلت بعد ذلك إلى مقرها الثاني بحوش الجمال بالساحة، ثم نقلت إلى جوار مسجد علي بن أبي طالب رضي الله عنه وظلت بمقرها هذا حتى عام 1377ه حيث نقلت إلى مبنى مستأجر بباب الشامي. كان المبنى كبيرا، وكانت مدرسة النجاح تقابل هذا المبنى وفيها ازدحام كبير، فتم نقل ستة فصول بمدرسيها إلى مدرسة القراءات، وسميت القسم الابتدائي وكان ذلك عام 1378ه وتعتبر هذه الفصول نواة مدرسة عبد الله بن رواحة الابتدائية والتي انفصلت أخيرا في مبنى مستقل لها في عام 1388ه، وأصبح طلابها يدرسون على نظام التعليم العام، وبقي الطلاب الذين يدرسون على نظام القراءات في مدرسة تأسست لهذا الغرض وهي مدرسة (أبي بن كعب لتحفيظ القرآن الكريم) والتي تعتبر امتدادا لمدرسة القراءات السعودية.
ثم نقلت مدرسة أبي بن كعب لتحفيظ القرآن الكريم إلى (بضاعة) وأصبحت في مقرها هذا تضم المراحل الثلاث الابتدائية والمتوسطة والثانوية. ثم إلى مبنى مستأجر في الحرة الشرقية، ثم إلى مبنى آخر في طريق المطار النازل جوار مؤسسة النقد العربي السعودي.
ولما زاد عدد الطلاب في كل مرحلة، تم فصل المرحلة الابتدائية ونقلت إلى مقر وقف المدرسة الكشميرية بحي النصر وذلك في عام 1408ه. وفي عام 1413ه نقلت إلى مبناها الحكومي الحالي الواقع على طريق عثمان بن عفان رضي الله عنه (العيون سابقا) بحي النصر.
كان الشيخ أحمد ياسين الخياري أول مدير لها وقد استمر حتى عام 1380ه خلفه عدد من المشايخ والأساتذة التربويين الذي بذلوا جهودا موفقة في سبيل تحقيق أهدافها السامية، فارتقوا بها في درجات السمو والرفعة حتى وصلت إلى المستوى الذي يليق بمكانتها، وأضحت اليوم صرحا من صروح العلم والمعرفة التي تعنى بكتاب الله الكريم في هذه البلاد.
5 المدرسة السعودية الابتدائية بقباء: