الواقع أن الخلاف بين الكنيستين الكاثوليكية والأرثوذكسية استمر ما يقارب تسعة قرون منذ عام 1054م عندما خرجت الكنيسة البيزنطية عن طاعة الكرسي البابوي في روما.
وتعنى كلمة (كاثوليك) في اليونانية القديمة (الجامعة) لتغطية الكنيسة لأماكن عدة في العالم بينما تعنى كلمة (أرثوذكس) مستقيم الرأي..
والخلاف الأساسي بينهما يرجع إلى رفض الأرثوذكس الإعتراف بالبابا رئيسا للكنيسة وعدم اعترافهم بعصمة البابا عن الخطأ.
وبالرغم مما ذكر من الأسباب الداعية لزيارة البابا في الشهور الماضية لتركيا المسلمة وأهمها ما تواجهه الكنيسة الأرثوذكسية من صعوبات نتيجة انتمائها وولائها إلى اليونان الدولة المتحاربة مع تركيا في قبرص، وتناقص أتباع الكنيسة في تركيا حيث كان عددهم عام 1940 في القسطنطينية (اسطنبول) 166 ألفا وتناقص إلى أقل من ستة آلاف بالرغم من هذه الأسباب المعلنة فإن السبب الأول هو مواجهة المسيحية الصليبية للمد الإسلامي والصحوة الإسلامية الناجحة في العالم بعامة وتركيا بخاصة والإتفاق على السبل والوسائل الكفيلة بإيقاف هذا الزحف ونشر المسيحية في العالم الإسلامي خاصة البلاد التي تسمح حكوماتها بذلك مثل السودان ومصر وغيرهما.