الهدف الرئيسي : هو تعبيد الناس لله وحده وإخراجهم من العبودية للعباد إلى العبودية لرب العباد وإزالة الطواغيت كلها من الأرض جميعًا ، وإخلاء العالم من الفساد وذلك لأن خضوع البشر لبشر مثلهم وتقديم أنواع العبادة لهم من الدعاء والنذر والذبح والتعظيم والتشريع والتحاكم هو أساس فساد الأجيال المتعاقبة من لدن نوح عليه السلام إلى يومنا هذا وهو انحراف بالفطرة السوية عما خلقها الله عليه من التوحيد كما قال صلى الله عليه وسلم عن الله عز وجل قال ((إني خلقت عبادي حنفاء كلهم وإنهم أتتهم الشياطين فاجتالتهم عن دينهم وحرمت عليهم ما أحللت لهم وأمرتهم أن يشركوا بي ما لم أنزل به سلطانًا ..)) رواه مسلم .

فهدف الجهاد الإسلامي الأكبر هو إرجاع البشر إلى الأصل وهو الملة الحنيفية التي تخضعهم لرب العالمين وتجعلهم يستمدون منه سبحانه وتعالى منهج حياتهم الدنيا ويعبدونه كما أمر الله ولا يعبدون أحدًا غيره ، وهذا الخضوع لله هو الذي يحقق لهم السعادة والفلاح في الدنيا والآخرة .

يقول سيد قطب رحمه الله تحت عنوان منهج متفرد :

((والآن يقول قائل إذا كان الإسلام وهو منهج الله للحياة البشرية لا يتحقق في الأرض وفي دنيا الناس إلا بالجهد البشري وفي حدود الطاقة البشرية ، وفي حدود الواقع المادي للحياة الإنسانية في البيئات المختلفة ، فما ميزته إذن على المناهج البشرية التي يضعها البشر لأنفسهم ويبلغون منها ما يبلغه جهدهم في حدود طاقتهم وواقعهم ولماذا يجب أن نحاول تحقيق ذلك المنهج وهو يحتاج إلى الجهد البشري ككل منهج ، فلا يتحقق منه شيء بمعجزة خارقة ، ولا بقهر إلهي ملزم ، وهو يتحقق في حياة الناس في حدود فطرتهم البشرية وطاقتهم العادية وأحوالهم الواقعية .