موقفه من الرافضة:
- جاء في الميزان: قال ابن معين في تليد بن سليمان الكوفي الأعرج: كذاب يشتم عثمان، قعد فوق سطح فتناول عثمان، فقام إليه بعض أولاد موالي عثمان فرماه فكسر رجليه. (1)
- وفيه: قال يحيى في مينا بن أبي مينا: ومن مينا الماص بظر أمه حتى يتكلم في الصحابة؟ (2)
- وفي جامع بيان العلم لابن عبد البر: قال هارون بن إسحاق، سمعت يحيى بن معين يقول: من قال أبو بكر وعمر وعثمان وعلي وسلم لعلي سابقته فهو صاحب سنة. قال: فذكرت له هؤلاء الذين يقولون: أبو بكر وعمر وعثمان ويسكتون. فتكلم فيهم بكلام غليظ. (3)
موقفه من الجهمية:
- جاء في السنة لعبد الله: عن يحيى بن معين أنه يعيد صلاة الجمعة مذ أظهر عبد الله بن هارون المأمون ما أظهر يعني القرآن مخلوق. (4)
- وفيها: قال عبد الله: حدثني الحسين بن علي بن يزيد الصدائي: سمعت يحيى بن معين يقول: من قال القرآن مخلوق فهو كافر. (5)
- وجاء في أصول الاعتقاد: عن أحمد بن زهير قال: وسمعت أبي سأل