6- "مشكلات القرآن" لأبي داود سليمان بن أشعث السجستاني ، صاحب السنن . توجد منه نسخة خطية في فاتح كتبخانه سي في استنبول بتركيا رقمه في الفهرس (646).
7- "الموضح في معاني القرآن وكشف مشكلات الفرقان " ، لعبدالعزيز الصيدلاني المرزباني من علماء القرن الرابع الهجري . منه نسخة مخطوطة في مكتبة أيا صوفيا رقم (297) .
8- "إزالة الشبهات عن الآيات والأحاديث المتشابهات "لابن اللبان(749هـ ) . انظر الأعلام للزركلي (5/327) ورمز له أنه مخطوط .
ثم إني وجدت كتابا حافلا جامعا لأغلب المخطوطات الإسلامية في العالم ؛ وهو كتاب "الفهرس الشامل للتراث العربي الإسلامي المخطوط" من إصدار المجمع الملكي لبحوث الحضارة الإسلامية ، ويطلق عليها اسم "مؤسسة آل البيت" في الأردن ، وتم إصدار سبعة وعشرين مجلدا منه ، منها في علوم القرآن "مخطوطات التفسير وعلومه" في مجلدين ، يذكر فيه عنوان المخطوط ، واسم مؤلفه ، ومكان وجوده ، ورقمه فيه ، وهو مرتب هجائيا . ومن المخطوطات التي وجدتها داخلة في علم مشكل القرآن :
9 - الأجوبة الجلية على الأسئلة الخفية للمصري .
10- الأجوبة السنية على الأسئلة الرومية .
11- أجوبة على أحد عشر سؤالا تتعلق بمشكلات تفسير القرآن الذي وضعه العز بن عبدالسلام للسندي .
12- استشكالات عمر بن عبدالسلام في تفسير الفاتحة ، والأجوبة عنها لابن زكريا . 13- الأسئلة المفخمة في الأجوبة المفهمة للرازي .
14- أسئلة القرآن وأجوبتها للواحدي .
15- وبنفس العنوان للرازي .
16- ولعزة سيدي .
17- وللمصري .
18- متشابه القرآن للكسائي .
19- حل مشكلات القرآن للمرعشي .
20- شرح مغمضات القرآن .
21- أوضح البرهان في مشكلات القرآن .
22- الأنوار في مشكلات آيات من القرآن للشطيببي .
23- التبيان في متشابه القرآن للسيوطي .
24- تتمة البيان لما أشكل من القرآن لأبي شامة .
-ثالثا : المفقود :
1- " جوابات القرآن " لسفيان بن عيينة(77) . ذكره ابن النديم في الفهرست (ص : 51) ، دار المعرفة ، بيروت ، 1398هـ ، والداوودي في الطبقات (1/198) .
2- "الآيات المتشابهات "لبقي بن مخلد . انظر معجم مصنفات القرآن الكريم(4/194) ، الدكتور / على شواخ إسحاق ، الرياض ، دار الرفاعي ، الطبعة الأولى ، 1404 .
3- "الرد على الملحدين في متشابه القرآن" ، لقطرب . ذكره ابن النديم في الفهرست (ص : 78)وذكر الزركشي أنه اطلع عليه كما في البرهان في علوم القرآن (2/53) .
4- "مشكل القرآن " للحكيم الترمذي . ذكره القرطبي في تفسيره الجامع لأحكام القرآن (15/30) ، بيروت ، دار الكتب العلمية ، الطبعة الأولى ، 1408 .
5- " معاني القرآن وغريبه ومشكله"للمفضل بن سلمة . انظر الفهرست لابن النديم (1/51) ، والمفضل هو ابن سلمة بن عاصم أبو طالب ، وكان فهما فاضلا ، كوفي المذهب ، أديبًا لغويًا ، كان حيًّا في سنة تسعين ومائتين (انظر تاريخ بغداد للخطيب (13/124 ) .
6- "معاني القرآن وتفسيره ومشكله" لابن جراح الوزير . انظر الفهرست لابن النديم (1/51) .
7- "مشكل القرآن " لابن الأنباري . ذكره الذهبي في سير أعلام النبلاء (15/512) ، وابن طاهر في تذكره الحفاظ (3/875) تحقيق حمدي السلفي ، دار الصميعي ، الرياض ، الطبعة الأولى ، 1415 ، وطبقات المفسرين للداوودي (ص : 231) .
8- "مشكل القرآن "لأبي محمد القتيبي . ذكره القزوينى في "التدوين في أخبار قزوين" (2/183) .
9- "معاني مشكل القرآن "لبعض تلامذة المبرد . ذكره السيوطي في كتاب التطريف في التصحيف (ص : 25) ، تحقيق على حسين البواب ، دار الفائز ، عمان الأردن ، الطبعة الأولى ، 1409 .
10- " مشكل القرآن " لابن فورك . ذكره ياقوت الحموي في معجم البلدان (1/237) ، بيروت ، دار الفكر .
11- "مشكلات التفسير "لقطب الدين محمود الشيرازي . ذكره حاجى خليفة في كشف الظنون (2/1695) .
12- "مشكلات القرآن "لمكي بن أبي طالب القيسي . المصدر السابق في نفس الصفحة .
13- "جوابات القرآن "لأحمد المهرجاني المقرىء . ذكره ابن كثير الداوودي في طبقات المفسرين (1/55) .
14- "البرهان في مسائل القرآن"لابن قدامة المقدسي . ذكره ابن كثير في البداية والنهاية (13/99) ، والأعلام (4/67) .
15- "البرهان في مشكلات القرآن " لأبي المعالي بن منصور الجيلي المعروف بشيذله(494هـ ) . ذكره في وفيات الأعيان (1/318) ، كشف الظنون (1/241) ، وطبقات المفسرين لأحمد الأدنروي (ص : 407) ، الأعلام للزركلي (4/232) .
16- "بيان مشتبه القرآن " لعيسى اللخمي الشرشيني (629هـ ) . لسان الميزان لابن حجر (4/401) غاية النهاية (1/609) .
17- "تأويلات القرآن" لأبي منصور الماتريدي(333هـ ) . ذكره في الأعلام (7/242) .
18- "تأويل متشابهات القرآن " لابن شهر آشوب(588هـ ) . انظر الأعلام (7/167) .
19- "التبيان في مسائل القرآن " لأحمد بن إسماعيل الطالقاني القزويني(589هـ ) . انظر الأعلام (1/93) .