قدس سره، من طريق الباطن لأن وفاة أبي يزيد قبل ولادة الشيخ أبي الحسن بمدة طويلة، والشيخ أبو يزيد أخذ عن حضرة الإمام جعفر الصادق رضي الله عنه؛ من طريق الباطن؛ لأن ولادة الشيخ أبي يزيد بعد وفاة الإمام جعفر بمدة، وهذه الطريق الباطنية تسمّى عندهم بالأويسية؛ لأن أويس القرني قدس سرّه أخذ الفيض الباطن من طريق الباطن؛ عن النبي صلى الله عليه وسلم.
الطريق الثانية: للشيخ أبي القاسم الكركاني، عن حضرة الشيخ أبي عثمان المغربي، عن حضرة الشيخ أبي علي الروذبادي، عن حضرة أبي القاسم الجنيد البغدادي، عن الشيخ سري الدين السقطي، عن معروف الكرخي، ولمعروف الكرخي طريقان.
الأولى: عن الإمام الرضا، عن أبيه موسى الكاظم، عن أبيه جعفر الصادق رضي الله تعالى عنهم.
الطريق الثانية: للشيخ معروف الكرخي عن داود الطائي عن أبي محمد حبيب العجمي عن سيد التابعين الحسن البصري عن أمير المؤمنين الإمام علي بن أبي طالب رضي الله عنه عن النبي صلى الله عليه وسلم، وللإمام جعفر الصادق طريقان.
الأولى: عن أبيه محمد الباقر، عن أبيه علي زين العابدين، أبيه الإمام الحسين الشهيد، عن أبيه الإمام علي بن أبي طالب رضي الله تعالى عنهم.
الطريق الثانية: للإمام جعفر الصادق، عن أبي أُمِّهِ؛ القاسم بن محمد بن أبي بكر الصديق رضي الله عنهم.
قال سيدنا مير كلال: وقد انتسبت من الطريق الأويسي، أعني الطريق الباطني إلى حضرة الخوجه بهاء الدين نقشبند قدس سرّه، فإني رأيته في المنام، وبايعته وصافحته، وأخذت هذه الطريق منه.