ومع ذلك فقد أبرم معهم رسول الله صلى الله عليه وسلم معاهدةً جاء فيها: ( أنه من تبعنا من يهود فإن له النصر والأسوة غير مظلومين ولا متناصر عليهم، وأن اليهود ينفقون مع المؤمنين ما داموا محاربين، وأن لليهود دينهم وللمسلمين دينهم ومواليهم وأنفسهم، إلا من ظلم نفسه وأثم، فأنه لا يوتغ إلا نفسه وأهل بيته، وأن على اليهود نفقتهم وعلى المسلمين نفقتهم، وأن بينهم النصر على من حارب أهل هذه الصحيفة، وأن بينهم النصح والنصيحة والبرّ دون الإثم، وأنه ما كان بين أهل هذه الصحيفة من حدث، أو اشتجار يخاف فساده فإن مرده إلى الله وإلى محمد رسول الله صلى الله عليه وسلم، وأنه لا تجار قريش ولا من نصرها، وأن بينهم النصر على من دهم يثرب، وأنه لا يخرج منهم أحد إلا بإذن محمد، وأنه يثرب حرام جوفها لأهل هذه الصحيفة، وأنه لا يحول هذا الكتاب دون ظالم ولا آثم..).
فهذا الصحيفة التزم اليهود فيها بدفع قسط من المال في الحروب دفاعاً عن المدينة، وأن المجرم ينال جزاءه من أيّ فريق كان، وأن اليهود لا يخرجون من المدينة إلا بإذن رسول الله صلى الله عليه وسلم، واعتبرت المعاهدة أن المدينة حرم والحرم لا يحل انتهاكه، والمرجع الوحيد عند التحاكم هو رسول الله صلى الله عليه وسلم، ومنعت الصحيفة من إجارة قريش أو نصرها.
وعلى الرغم من هذه المعاهدة ووضوح بنودها، وتحقيقها حياةً آمنةً مطمئنّةً لليهود في المدينة، إلا أن اليهود ما انفكّوا عن الكيد للإسلام وأهله، ومحاولة طرح الشبه للتشكيك في نبوّة الرسول صلى الله عليه وسلم فيستغلون بعض الحوادث للتلبيس على الناس كما في صرف القبلة وغيرها، كما يلقون الأسئلة المتعنتة على الرسول أمام الملأ ومع ذلك كان يحلم عليهم. وهذا يعتبر نوعاً من فصول المقاومة للرسول صلى الله عليه وسلم.
كما قاموا بتدبير المؤامرات والكيد للمسلمين في كل فرصة ينتهزونها، فمرّةً يثيرون العداوة بين المسلمين ويذكرونهم بثاراتهم الماضية حتى كاد الأوس والخزرج أن يقتتلوا، وتارةً يهددون رسول الله صلى الله عليه وسلم لما جمعهم في سوق بني قينقاع ورأى ما بهم من الشرّ والنوايا الفاسدة في نقض المعاهدة - بعد ما شرقوا بانتصار المسلمين في بدر - فوعظهم وذكرهم فقالوا له: (يَا مُحَمَّدُ لا يَغُرَّنَّكَ مِنْ نَفْسِكَ أَنَّكَ قَتَلْتَ نَفَرًا مِنْ قُرَيْشٍ كَانُوا أَغْمَارًا لا يَعْرِفُونَ الْقِتَالَ إِنَّكَ لَوْ قَاتَلْتَنَا لَعَرَفْتَ أَنَّا نَحْنُ النَّاسُ وَأَنَّكَ لَمْ تَلْقَ مِثْلَنَا).
ودعوا على النبي صلى الله عليه وسلم بالموت كلّما لقوه في وجهه. تقول عَائِشَةَ: (اسْتَأْذَنَ رَهْطٌ مِنَ الْيَهُودِ عَلَى رَسُولِ اللَّهِ صلى الله عليه وسلم فَقَالُوا: السَّامُ عَلَيْكُمْ فَقَالَتْ عَائِشَةُ: بَلْ عَلَيْكُمُ السَّامُ وَاللَّعْنَةُ فَقَالَ رَسُولُ اللَّهِ صلى الله عليه وسلم:" يَا عَائِشَةُ إِنَّ اللَّهَ يُحِبُّ الرِّفْقَ فِي الأَمْرِ كُلِّهِ قَالَتْ: أَلَمْ تَسْمَعْ مَا قَالُوا قَالَ: قَدْ قُلْتُ وَعَلَيْكُمْ).
وقام رجل منهم يقال له لبيد بن الأعصم بعمل السحر للنبي صلى الله عليه وسلم. وهذا من شأن اليهود كلّما أعياهم أمر لجأوا إلى السحر والشعوذة والاستعانة بالشياطين. فليس عندهم حجة يجادلون عنها، ولا رأي صحيح يناظرون عليه.
فانتصار المسلمين في بدر أفقد اليهود صوابهم فنقلوا الحرب والمقاومة من الكلام إلى ميدان الحرب الدامية:
فتحرّشوا بامرأة مسلمة في سوقهم وكشفوا عن سوأتها.
ثم كان منهم التحريض لقريش على غزو المدينة، وقامت بنو النضير بتنظيم عملية اغتيال للنبي صلى الله عليه وسلم، وجنّدوا شعراءهم للتشبيب بنساء المسلمين والتغزّل بهنّ.
فلما رأى رسول الله صلى الله عليه وسلم أنهم سلكوا طريق القوّة في مقاومتهم للمسلمين واستنصار الأعداء عليهم والتهديد السافر للمسلمين فأجلا من نقض العهد منهم كبني قينقاع وبني النضير بموجب المعاهدة بينهم.