وجميع هذه المدارس انقرضت إما بالضم أو التحويل أو بوفاة صاحبها أو انتقال الملك من أمة إلى أمة أخرى لأن هذه الفترة من بداية العهد المملوكي إلى نهاية حكم الأشراف بالمدينة المنورة وبعض ما بقي منها الآن تحول إلى مدارس لتحفيظ القرآن الكريم بنفس المسمى تحت إشراف الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم بالمدينة المنورة، أو رباط لسكنى المساكين.

يتعذر تعيين تاريخ محدد للمدارس الوقفية بالمدينة النبوية، غير أن أول من ذكرها في قاصر علم الباحث – هو المؤرخ محمد بن أحمد المطري توفي عام 741ه، حي أورد اسم المدرسة اليازكوجية والشهابية (1) ، كما ذكر زين الدين أبي بكر المراغي 728 –816هنفس المدرستين في تاريخه (2) .

أضاف عبد الله بن محمد فرحون المالكي في كتابه عن تاريخ المدينة المنورة 693 –769ه المدارس التي كانت في أثناء إقامته بالمدينة المنورة وهي:

المدرسة الشهابية، المدرسة الأزكجية، المدرسة الشيرازية، المدرسة الأركوجية (3) .

كما أضاف السيد السمهودي 844 – 911ه في تاريخ عن المدينة المنورة المدارس التالية: المدرسة الجوبانية، الكبرجية، الباسطية، الزمنية، الأشرفية، والمزهرية (4) . فزاد السخاوي في التحفة اللطيفة على ما ذكره السمهودي المدرسة السنجارية والشهابية.