وأصيب المسجد بأضرار أكثر عندما اقتحمه السيل الذي سموه سيل الخديوي في عام 1327 فقد أخل بنحو 22 أسطوانة عدا وجوه الخراب الأخرى فأمر السلطان محمد رشاد في عام 1334 بعمارة عمومية شملت كثيرا من أجزاء المسجد وأراد ابدال الاسطوانات بغيرها ولكنه تعذر ذلك عليهم لان الحرب