ولعل أهم عمل قام به محمد علي لضرب الزعامة الإسلامية في مصر هو ضمه للأوقاف التي كانت موقوفة على الأزهر لينفق منها على التعليم والمشايخ، إلى ملكية الدولة (3)، فقد مكنه هذا من تحقيق هدفه في تقويض دور التعليم الديني وإحكام السيطرة على المشايخ والقائمين على التعليم من رجال الأزهر بعد أن فقدوا قدرتهم على معارضته.

وقد أحاط محمد على نفسه ببطانة ومساعدين من نصارى الأروام والأرمن وكتبة من الأقباط واليهود، واستجلب لنفسه مماليك جعلهم حکامة للأقاليم، وكان في كل ذلك مستفزة لجموع المسلمين المصريين ومعبرة عن عدم الاهتمام أو الاكثرات بهم وبخاصة أن هؤلاء المساعدين قد أعانوه على سياسته الاستبدادية بين الفلاحين (4)، ويصور لنا الجبرتي ذلك بقوله: «فتح بابه للنصارى من الأروام والأرمن فترأسوا بذلك وعلت أسافلهم، كما أنه كان يحب السيطرة والتسلط ولا يأنس لمن يعارضه (5)

وسلك محمد علي ومعانوه من غير المسلمين سياسة تتسم بالظلم والقهر والاستعباد ضد جموع الشعب المصري، فجمع حجج الأرض من الفلاحين وفرض عليهم السخرة أو دفع ضريبة بديلة وحرم عليهم أن يأكلوا شيئا من کد أيديهم، وأبطل التجارة، وزاد في أسعار المعايش أضعافا مضاعفة، وفرض الضرائب التي لا يطيقون دفعها، وجعل كل نشاط اقتصادي يؤول إليه، ونقم على الناس (6)، وأرجع الجبرتي ذلك إلى