ترتيب كتبها وفهرستها وتصنيفها وصيانتها، وتحديد مخصصات للعاملين فيها، ومخصصات لضمان صيانة وترميم الكتب، وتوفير الخدمات للمترددين عليها من العلماء والطلاب وكل ما يحتاجونه من أقلام ومحابر وأوراق ونساخ متخصصين لمساعدة الطلبة والعلماء والباحثين في استنساخ ما يحتاجونه من محتويات المكتبة، دون أن يدفعوا أجراً للناسخين، كما وفر بعضها محققين للتأكد من سلامة النسخ.

تنظيم الإعارة الخارجية التي تفاوتت شروطها في المكتبات في العصور الإسلامية الزاهرة، فمنها مكتبات لا إعارة فيها، وأخرى تسمح بدون مقابل، ومنها ما يطلب ضماناً للكتب عند إخراجها، ويبقى حتى استرجاع ما استعير، وإذا فُقدت الكتب يستقطع من هذا الضمان.

لعبت الأوقاف دورها بانتشار البيمارستانات والمعاهد الطبية، التي جمعت بين التعليم النظري والتعليم التطبيقي العملي، وذلك في :

توفير العناية الطبية لطلاب العلم وأساتذتهم، بتوفير العلاج المجاني والخدام لخدمتهم، والعناية بنظافة أماكنهم وملابسهم، وتخصيص الخدمات الصحية ومرافق النظافة لهم، وتخصيص فرش لكل واحد منهم، كما وفرت بعضها الكسوة لمن تم شفاؤهم من الخارجين منها.

تقدم البحث العلمي في الكيمياء والصيدلة والأحياء والطب وعلم النبات والأدوية، من خلال تخصيص الأوقاف مخصصات للإنفاق على التأليف والتصنيف والبحث.

كان للأوقاف دورها في المنجزات الفلكية، التي توصل إليها العلماء المسلمون وذلك بما وفرته من إنفاق سخي، شمل المخصصات والسكن، والمكتبة الملحقة بتلك المراصد والتي جهزتها بالتجهيز المناسب، للقيام بدورها على الوجه الأكمل.