الاغتيال تلك قد نسبت للموساد الإسرائيلي إلا أن بعض المتابعين لهذا الشأن لا يبرؤون نظام الآيات في طهران من الضلوع بشكل أو أخر في هذه العملية الإجرامية . ومن الأمور الذي تعزز الشكوك حول احتمال تواطىء مخابرات نظام طهران الفارسي مع الموساد الصهيوني في هذه العملية الإجرامية ما يلي :

أولا: أن عملية الاغتيال الإجرامية تلك جاءت بعد ثمانية أشهر من آخر سفرة للشقاقي إلى طهران في شهر رمضان من عام 1415هـ ، وهي الزيارة التي حصل فيها الطلاق – المفترض - والغير معلن بين الشقاقي والقادة الإيرانيين. علما بأن الشقاقي - وحرصا منه على استقلال حركته - كان قد نجح "في تكوين علاقات جديدة مع دول عربية تغنيه عن اعتماده الكلي على الدعم الإيراني" و بالتحديد مع ليبيا والسودان ، لدرجة أصبح معها الدعم الليبي للحركة أكثر من الدعم الإيراني بأضعاف.

ثانيا: أن الأمين العام الجديد للحركة والذي حل محل الشقاقي – وهو رمضان عبد الله شلح ، كان من الجناح الموالي لنظام طهران الفارسي ، بل قيل أن طهران كانت هي التي قد أعدته لتبوأ هذا المنصب ، - وهذا يدل على أنه كان هناك عملية التفاف إيرانيه على الشقاقي ، واختراق لقيادة الحركة في حياة الشقاقي ذاته ، وتولي رجالات إيران زمام أمور الحركة إلى جانب رجلها رمضان شلح .