جاء خطاب القيادة القُطرية بعد خمسة أشهر من تاريخ استفسارها وفي إطار العمل التقنيني لإصلاح المؤسسة التعليمية ـ التي انتهجتها وزارة التربية وأكد أهميتها الكبرى تقرير التعليم في سورية (2005) وحددها المرسوم التشريعي رقم (36) عام 2001 والمتعلق بتنظيم التعليم ـ، ونص خطاب القيادة القُطرية (1) الصادر في دمشق 26/02/2006 على "1. تسوية أوضاع المؤسسات التعليمية الدينية الخاصة لمرحلة ما بعد الثانوية (القائمة حالياً) وإلحاقها بوزارة التعليم العالي وتشميلها بمرسوم تنظيم المؤسسات التعليمية الخاصة (...). 2. إخضاع المؤسسات التعليمية الدينية التي قد تؤسس مستقبلاً لأحكام المرسوم /36/ لعام 2001 [المتعلق تنظيم المؤسسات التعليمية الخاصة]. 3. إلحاق المعاهد الشرعية والحوزات العلمية القائمة حالياً بوزارة الأوقاف ويطبق عليها نظام التعليم الخاص بحسب الأنظمة والقوانين المعمول بها في المدارس الخاصة".