وفي الوقت الذي بدأت فيه الحوزات العلمية تتكاثر ونشاطها التبشيري يزداد في مقابل التضييق المستمر على التعليم الديني في المعاهد الشرعية الأهلية (السنية) ومع ظهور تقرير التعليم في سورية عام 2005 لأول مرة، وجد رجال الدين السنّة ضرورة لمواجهة هذا التمييز، فمؤسسات التعليم الأهلية ومعاهدهم الشرعية تخضع لضبط ومراقبة وإشراف مباشر من قبل وزارة الأوقاف، وأداء أساتذتها وطلابها يخضع دوماً للمراقبة الأمنية الشديدة، وهم أهالي البلاد وهؤلاء مبشرون غرباء.

وعلى ما يبدو فإن وزارة الأوقاف أضعف الوزرات وأكثرها خضوعا للمراقبة الأمنية قررت الصمود والسكوت أمام استفسارات واستنكارات تأتيها من علماء الدين ومواطنيهم. لم يدم الأمر طويلاً حتى برزت إشكالات إدارية تتعلق بالتعليم العالي، فتكاثر مؤسسات التعليم العالي الدينية السنية ذات الأنظمة التعليمية الحديثة وموضوع تعديل شهاداتها جعل هنالك ضرورة لتوضيح تبعيَّتها وخضوعها لقانون التعليم العالي، كونها الجهة المسؤولة عنه في البلاد، ومن غير المعقول أن تبقى الأمور بدون ضبط، مع وجود المؤسسات الحكومية المختصة. فقررت وزارة التعليم العالي إرسال كتاب إلى "مكتب التربية والتعليم" في القيادة القُطرية (1) تستفسر فيه عن "مؤسسات التعليم الديني الخاصة غير المرخصة" وتبعيتها والتعليم الجاري فيها.