وبما أن التعليم الديني في سورية يخضع لإدارة قسم التعليم الديني في وزارة الأوقاف، فإن الحوزات التي انتشرت كالفطر في السيدة زينب قررت أن تخرج عن رقابة الأوقاف، وأسست ما أسمته "مديرية الحوزات العلمية"، وحصلت على موافقة الأمن السياسي التابع لوزارة الداخلية، وباشرت عملها في 2005، وأرسلت أول كتاب لها إلى إدارة الهجرة والجوازات في 16 آب/أغسطس 2005 للموافقة على "اعتماد خاتم مديريتها كونها الجهة الوحيدة المخولة بمخاطبة إدارة الهجرة والجوازات" (1) وذلك على خلاف كل مؤسسات التعليم الديني الخاصة، التي تجعل وزارة الأوقاف هي الجهة الوحيدة المعتمدة لمخاطبة "إدارة الهجرة والجوازات"، وهذا أحد المؤشرات المهمة للتسهيلات غير الاعتيادية التي أصبحت تحظى بها مؤسسات ملالي الشيعة في عهد الأسد الجديد.
(1) من نص خطاب إدارة الهجرة والجوازت إلى وزارة الأوقاف، الذي وقعه مدير إدارة الهجرة والجوازات "العميد مظهر أحمد"، برقم 6254/أ في 19/06/2006 (وثيقة رسمية). وتاريخ الوثيقة يوضح أن الكتاب جاء بعد قرابة سنة من تاريخ طلب "مديرية الحوزة العلمية" واعتماد خاتمها، والواقع أن موافقة إدارة الهجرة والجوازات جعلت الحوزات تستغني عن مراجعة وزارة الأوقاف مادام خاتمها قد اعتمد لديها، فما من فائدة للعودة إليها. ولكن إثارة موضوع تبعية الحوزات العلمية لوزارة الوقاف وصدور قرار رسمي عن رئاسة الوزراء في 26/02/2006 (رقم 1732/ص) بضرورة إلحاق المعاهد الشرعية والحوزات العلمية القائمة بوزارة الأوقاف وأن "تجديد مدة الإقامة [بالنسبة لطلاب الحوزة يتم] بناءً على وثائق دوام مصدقة من وزارتي التعليم العالي والأوقاف" استفز المؤسسة الحوزوية وجعلها تستصدر هذا الكتاب عبر نفوذها الذي يبدو أنه أصبح ممتداً في جهاز الدولة.