على ضوء ذلك، يفاصل جواد علي معرفيا وتاريخيا بين غيبة الإمام المهدي الصغرى وغيبته الكبرى، في إطار تطور النظرية الشيعية الامامية، ففي الغيبة الصغرى التي كان ينظّر لها السفراء والوكلاء ، يرد إليها حالة الإرباك المفاهيمي والروائي عند الشيعة الامامية ، وهي الفترة المغمورة بالغموض والمحفوفة بالسرية والتقية ، حيث اتخذت فيها الرواية طابعا أسطوريا في صياغة فرضيات وتوهمات خيالية ؛ لتعويض الفراغ العقدي الذي ترك بموت الإمام الحادي عشر ، والتشكيك في ولادة ابن له بين الشيعة أنفسهم ، ما حدى إلى انقسام الشيعة إلى الفرق المعروفة تاريخيا ، كل يرى الحق في ما اتصل به من الظاهرين من أخوة الأئمة ،المعروف نسلهم بوضوح .

أما الغيبة الكبرى، التي كانت بمثابة نهاية النيابة للسفراء الأربعة عن الإمام المهدي الذي سيختفي نهائيا دون سفراء ولا وكلاء في ما يسمى " بالغيبة التامة " ، التي لا يظهر فيها إلا بشروط إلهية مذكورة في كتبهم ، فإن جواد علي يرى إن التاريخ الشيعي بعد الغيبة الصغرى أصبح أكثر علمية ، فعندما لم يعد هناك إمام يرى ولا نائب فوق الأرض ، تولى العلماء قيادة الطائفة الشيعية الذين اخذوا على عاتقهم قيادة مصائر الشيعة ألاثني عشرية ،حيث بدؤوا نشاطهم في بداية الغيبة الكبرى بالبحث في مسائل الشرع وترسيخ علم الكلام كمجتهدين مطلقين ، دون أن يتدخلوا في الشؤون السياسية ، أو الدخول في ثورات وانقلابات ضد الأنظمة الحاكمة ، بل كانوا يمارسون التقية على تلك الأنظمة ، وكأنهم يقفون معها ، ولكن بعد فترة ، فإن العلماء المجتهدين المطلقين في المجال الفقهي والعقدي ، تغير حالهم ، فأخذ كل واحد منهم يطمح للحكم وتكوين دولة ، حتى تم لهم الأمر فعليا في إيران .