أما الرافضة الإثنا عشرية فقد ذهبوا على عادتهم في سلسلة من محاولاتهم النيل من عظمة القرآن الكريم وقدره إلى أن القرآن الكريم وقع في تحريف في ترتيب آياته وسوره على يد أصحاب رسول الله صلى الله عليه وسلم؛ حيث زعموا أن القرآن الموجود بين دفتي المصحف اليوم مخالف لما يزعمون أنه محفوظ عند إمامهم الغائب في الترتيب بين سوره وآياته أيضاً.

يقول المفيد: (فأما القول في التأليف فالموجود يقضي فيه بتقديم المتأخر وتأخير المتقدم ومن عرف الناسخ والمنسوخ والمكي والمدني لم يرتب بما ذكرناه)([404])

فهم يزعمون أن قرآنهم مرتب على تقديم السور المكية على المدنية، وتقديم الآيات الناسخة على المنسوخة إلى غير ذلك من الأمور التي يدعون فيها الاختلاف، فمن الأمثلة على ذلك تقديم آية عدة النساء المتوفى عنها زوجها أربعة أشهر التي هي قوله تعالى: ((وَالَّذِينَ يُتَوَفَّوْنَ مِنْكُمْ وَيَذَرُونَ أَزْوَاجاً يَتَرَبَّصْنَ بِأَنفُسِهِنَّ أَرْبَعَةَ أَشْهُرٍ وَعَشْراً)) [البقرة:234]، وهي الآية الناسخة على آية عدة النساء المتوفى عنها سنة كاملة: ((وَالَّذِينَ يُتَوَفَّوْنَ مِنْكُمْ وَيَذَرُونَ أَزْوَاجاً وَصِيَّةً لأَزْوَاجِهِمْ مَتَاعاً إِلَى الْحَوْلِ غَيْرَ إِخْرَاجٍ)) [البقرة:240]، وهي الآية المنسوخة.

قالوا: كان من الواجب أن تذكر الآية المنسوخة أولاً لتقدمها في النزول ثم تذكر الآية الناسخة لتأخرها في النزول.

ومنها قوله تعالى: ((أَفَمَنْ كَانَ عَلَى بَيِّنَةٍ مِنْ رَبِّهِ وَيَتْلُوهُ شَاهِدٌ مِنْهُ وَمِنْ قَبْلِهِ كِتَابُ مُوسَى إِمَاماً وَرَحْمَةً)) [هود:17].

روى علي بن إبراهيم بسنده عن الصادق أنه قال: (إنما نزل: (أفمن كان على بينة من ربه ويتلوه شاهد منه إماماً ورحمة ومن قبله كتاب موسى))([405]).

بتقديم ((وَمِنْ قَبْلِهِ كِتَابُ مُوسَى)) على قوله: ((إِمَاماً وَرَحْمَةً)).