من مميزات هذا الكتاب: حسن ترتيبه وتأليفه، حيث رتبه المصنف على طريقة انفرد بها، فلم أجده قد اتبع كتابا سابقا عليه في ترتيب مسائله وجزئياته، وإن كان قد رتب أقسام الكتاب على منطقي ثم طبيعي ثم إلهي، كمثل ترتيب كثير من كتب ابن سينا وغيره، أما ترتيب الأبواب والمسائل فقد أبدع في ترتيبها وأجاد، حتى إنه قد يلخص بعض المسائل من كتاب للرازي مثلا، لكنه يضع بينها مسائل أخرى وردت عند الرازي وغيره في مواطن أخرى، لكنه رآها أليق بهذا الموضع.

وكذلك كان المصنف رحمهالله منظما في تقسيمه لكتابه، وعرضه ومعالجته لموضوعاته، فقد جاء الكتاب على أقسام، ثم أبواب، ثم فصول، ثم مسائل وفروع، مع تنابيه وتذانيب وفوائد وغير ذلك، فلم توضع فقرات الكتاب على غير هدى، أو لغير سبب.

ج- وقوع التكرار في بعض المسائل:

وقع في بعض المسائل شيء من التكرار الذي لا يعيب الكتاب، ومن أسباب هذا التكرار : ما سبق معنا من أن المصنف رحمه لله قد قسم كتابه إلى أقسام ثلاثة، منطقي وطبيعي وإلهي، وقد وقع شيء من التكرار والتداخل بين مسائل القسم الطبيعي، ومسائل القسم الإلهي، وخاصة ما يتعلق منه بالعلم الكلي، إلا أن المصنف تناول هذه المسائل في القسم الطبيعي من الحيثية التي ينظر من خلالها الفلاسفة، وتناولها في القسم الإلهي من الحيثية التي ينظر من خلالها المتكلمون، ومن المسائل التي وقع فيها هذا النوع من التكرار: الكلام عن الملائكة والجن والشياطين.

وكذا وردت بعض المسائل إجمالا في موطن وذكرت تفصيلا في موطن آخر، ومن ذلك: شرح المقولات العشر، فقد أجملت في القسم المنطقي، وفصلت في القسم الطبيعي، ثم ذكرت سؤالات واعتراضات المتكلمين عليها في القسم الإلهي، ووقع في ضمن ذلك