ترأس الشقيري الدورة الثانية للمجلس الوطني الفلسطيني في القاهرة ، ما بين 31/5 ولغاية 4/6/1965 والدورة الثالثة في غزة من -24/5/1966وكُلف في المرتين بإعادة تشكيل اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية.

- بعد خلافات مريرة مع حكومة الأردن ، وصل أحمد الشقيري مع الملك حسين وبطائرته إلى عمان يوم 30/5/1967 قادما من القاهرة ، بعد أن وقعت هناك معاهدة الدفاع المشترك بين عمّان والقاهرة.

- قام في الفترة من 2-5 حزيران 1967 بجولة واسعة شملت مواقع المواجهة في الضفة الغربية ، وقد غادر القدس الشريف صباح يوم الاثنين الخامس من حزيران وهو لا يعلم أنه يغادرها إلى الأبد.

- في مؤتمر قمة الخرطوم 29/8 ـ 1/9/1967م كان للشقيري دور بارز في تثبيت لاءات الخرطوم الشهيرة (لا تفاوض لا صلح لا اعتراف) قبل انسحابه من الجلسة الختامية للقمة محتجاً.

- تعرض الشقيري بعد قمة الخرطوم لحملة واسعة في الصحف العربية وتحديداً الصحف المصرية منها , حتى تلقى يوم 14/12/1967 رسالة موقعة من سبعة من أعضاء اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية تطالبه بالاستقالة من رئاسة المنظمة.

- قدم أحمد الشقيري استقالته إلى الشعب الفلسطيني عبر (إذاعة صوت فلسطين) يوم 24/12/1967 ، كي تبقى منظمة التحرير ، وقد قبلتها اللجنة التنفيذية في اليوم التالي وكلف السيد يحيى حمودة رئيسا بالوكالة للجنة التنفيذية.

-