حظيت الجامعة الإسلامية بعناية من خادم الحرمين الشريفين منذ تاريخ إنشائها حين كان حفظه الله متبوئا لمسؤولية التعليم وزيرا للمعارف. وفي عهد جلالة الملك خالد بن عبد العزيز-رحمه الله-صدر أمر ملكي كريم برقم1/189وتاريخ25/8/1395ه يقضي بتعيين صاحب السمو الملكي الأمير فهد بن عبد العزيز ولي العهد والنائب الأول لرئيس مجلس الوزراء رئيسا أعلى للجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة. ومن مظاهر اهتمامه حفظه الله بالجامعة حضور الحفل السنوي لخريجي الجامعة لعام 96/1397ه مساء يوم السبت 6/7/1397ه وترأس حفظه الله المجلس الأعلى للجامعة في دورته الأولى عام 1396ه ودورته العاشرة في عام 1400ه. وبعد توليه حفظه الله - أمر هذه البلاد، ولاهتمامه وعنايته بالجامعة فقد احتفظ لنفسه بحق الإشراف المباشر على الجامعة وصدر بذلك أمر ملكي كريم برقم1/505 وتاريخ 17/11/1402ه جاء فيه: ((يعتبر رئيس مجلس الوزراء رئيسا أعلى للجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة)) فكان حفظه الله يحرص على حضور جلسات مجلسها الأعلى باستمرار. وفي يوم الثلاثاء الموافق 16/ من شهر محرم سنة 1403ه قام خادم الحرمين الشريفين بزيارة الجامعة ولقد توالت زياراته حفظه الله لهذه الجامعة المباركة ففي يوم الخميس الموافق 8 صفر عام 1405ه تفضل حفظه الله بزيارة الجامعة وأزاح الستار عن اللوحة التذكارية لمشروع المدينة الجامعية.