أسباب منها (أولا): وجود السفر مع الأسفار النبوية، وليس مع الأسفار التاريخية (1)، ومنها (ثانيا): ذكره لمعجزات تختلف عن المعجزات المذكورة في الأسفار التاريخية، ولا سيما النبأ المتعلق بالحوت (2)، ومنها (ثالثا): عدم الاتفاق بين ما قيل عن توبة أهل «نينوى»، وما جاء في سفر «ناحوم» ويل لمدينة الدماء، كلها ملآنة كذبا وخطفا، و «جرحك عديم الشفاء، كل الذين يسمعون خبرك يصفقون بأيديهم عليك» (3)، ومن المعروف أن ناحوم عاش بعد يونان أي أن نبوته كانت حوالي عام (650 ـ 625 ق. م)، ومنها (رابعا): ما جاء في سفر إرميا، (والذي عاش في الفترة 626 ـ 580 ق. م) (4)، «أكلني أفناني، نبوخذ نصر ملك بابل، جعلني إناء فارغا، ابتلعني كتنين ... وأخرج من فمه ما ابتلعه» (5)، وهذا القول تشبيه بغير شك، ومن ثم فقد ذهب بعض الباحثين المحدثين إلى أن رواية سفر يونان، إنما هي أيضا تشبيه ليس إلا (6).

على أن هناك فريقا من الباحثين من المحافظين من شراح العهد القديم إنما يذهب إلى أن سفر يونان هذا، إنما هو سفر تاريخي كتبه «يونان النبي بن أمتاي» من سبط «زبولون» (أحد أبناء يعقوب الاثني عشر) من «جت حافز»، على مبعدة ثلاثة أميال من الناصرة (قرية المسيح عليه