تناول إخوان الصفاء مواضيع عديدة في الأخلاق وهي تعبر عن مدى اهتمامهم بهذا العلم 0 ومن أبرز المواضيع التي تكلم عنها الإخوان بعد تأكيدهم تهذيب النفس ، موضوع اختلاف الأخلاق بين الناس ، إذا ارجعوا أسباب هذه الاختلافات الى أربعة أسباب وهي :-

أ. من جهة اختلاف أخلاط أجسادهم ومزاجها 0

ب. من جهة تربة بلدانهم واختلاف أهويتها 0

ج. من جهة نشوئهم على ديانات آبائهم ومعلميهم وأستاذيهم ومن يربيهم ويؤدبهم 0