من حيث أن الفكر الرياضي يُعد نوعاً من التجريد العقلي الذي ينصب في دراسة العلاقات الرتيبة بين المحسوسات واستنباط قواعدها (1) كذلك جعل إخوان الصفاء من العلوم الرياضية وسيلة لمعرفة جوهر النفس التي تُعد أول درجة من درجات النظر في العلوم الإلهية التي تُعد الغرض الأقصى من خوض الحكماء والفلاسفة بالعلوم الرياضية (2) 0

ومن الأفكار التي يشترك فيها إخوان الصفاء مع الفيثاغورية هي قول الفيثاغوريين بأن لحركات الأفلاك نغمات وحجتهم في ذلك أن الجسم إذا تحرك بشيء من السرعة أحدث صوتاً هو صوت اهتزاز الهواء أو الأثير ، فلابد أن يكون لحركات الأفلاك في الأثير العلوي أصوات ، وتتفاوت سرعة الأفلاك بتفاوت مسافاتها ، كما تتفاوت في العود سرعة الاهتزازات بتفاوت طول الأوتار ، فلابد أن يكون في السماء ألحان كألحان العود وأن كنا لا نشعر بها فذلك لأننا نحسها باتصال ، والصوت لا يُشعر به إلا بوجود السكوت (3)