نتيجة لمعاناة المسلمين في يوغسلافيا أثناء هذه المرحلة ، اضطر كثيرٌ منهم إلى النزوح عن بلادهم ، فقد (( حدثت هجرة إسلاميَّة من يوغسلافيا إلى تركيا لأسبابٍ دينيَّة و سياسية ، و خاصة من منطقة البوسنة و الهرسك و سنجق و قوصوة ، و قد بلغ عدد المهاجرين حتى عام 1359هـ/1940م 250000 )) (1) أما مُجمل من هاجر قبل ذلك العام و بعده فأكثر من ذلك بكثير ، و يكفي للدلالة على ذلك وجود نحو أربعة ملايين مسلم بوشناقي الأصل في تركيا اليوم (2) .

في عام 1360هـ/1941م اندلعت الحرب العالمية الثانية و استمرَّت أربع سنوات وقعت يوغسلافيا خلالها تحت الحكم النازي ، و في بداية الحرب أعلن النازيون قيام دولة كرواتيا المستقلة ، التي تضمَّ البوسنة و الهرسك بالكامل (3) .

استغلَّ الصرب فرصة اضطراب الأوضاع أثناء الحرب العالمية الثانية للعمل على إقامة صربيا المتجانسة و النقيَّة من الأعراق غير الصربيَّة ، فقد جاء في كتاب للزعيم الصربي موليفيتش بعث به عام 1360هـ/1942م إلى فازيتش : (( إنَّ الأرض الصربية ينبغي أن تُبسط إلى دالماسيا ، و ينبغي تطهيرها من جميع العناصر غير الصربيَّة و لتحقبق ذلك يجب إرسال الكروات إلى كرواتيا و المسلمين إلى تركيا و ألبانيا )) (4) .