وفي أوائل سنة 1303ه/1885م دعي للتدريس في المدرسة السلطانية لإحياء اللغة والدين فيها، وكان يشتغل مع التدريس بالتأليف والكتابة، وقد ألف «رسالة التوحيد» هناك، ونقل إلى العربية رسالة «الرد على الدهريين» التي كتبها السيد جمال الدين باللغة الفارسية، وشرح كتاب «نهج البلاغة» و«مقامات بديع الزمان الهمذاني».
وعاد الأستاذ في سنة 1306ه/1888م من منفاه، ولكن الخديو توفيق خشي أن يربي له تلاميذ على أفكاره ومنازعه، فلم يرض بتعيينه معلما كما كان يشتهي، بل عينه قاضيا بمحكمة بنها الأهلية، ومنها انتقل إلى محكمة الزقازيق فمحكمة عابدين.
وفي سنة 1308ه/1890م عين مستشارا بمحكمة الاستئناف الأهلية، وفي سنة 1312ه/1894م جعلته الحكومة المصرية عضوا في مجلس إدارة الأزهر، وهو أول مجلس أسس بسعيه ليكون رسول الإصلاح.
ولست بقين من المحرم سنة 1317ه/3 يونيه 1899م عين مفتيا للديار المصرية، وفي هذه السنة عينها جعلته الحكومة عضوا في مجلس شورى القوانين.
كان عند الأستاذ ميل إلى تعلم لغة أجنبية، فلم تدع له الحوادث متسعا، لكن تعلم لغة أجنبية كان أمنية من أمانيه لم تزل تعالجها همته الكبيرة حتى بلغتها، تعلم اللغة الفرنسية بعد أن عاد إلى مصر واشتغل بالقضاء، وهو ابن أربع وأربعين سنة، وأحكمها قراءة وكتابة وحديثا، كما ذكره أكثر من ترجموا له، وكان رحمه الله يقول: «من لم يعرف لغة من لغات العلم الأوروبية فلا يعد عالما في هذا العصر.»
وقد سافر إلى أوروبا عدة مرات، واستفاد من سياحاته ومن مطالعاته لكتب الغربيين في الفنون المختلفة، وظهر أثر ذلك في أفكاره وكتاباته ودعواته الإصلاحية.
أقام الأستاذ في القضاء الأهلي حوالي عشر سنين، ظهرت فيها كمالاته الأخلاقية والعلمية، وانصرف في أثنائها إلى درس اللغة الفرنسية والمطالعة والقيام بأعباء منصبه، وتلك كانت مدة تجمع لوثبة الإصلاح التي بدأت يوم دخوله مجلس إدارة الأزهر فتعيينه مفتيا للديار المصرية.
في ذلك العهد أزهر نشاط الأستاذ في الإصلاح الديني والعلمي والاجتماعي، ووصل الشيخ محمد عبده كما يقول قاسم بك أمين في تأبينه: «إلى مقام الإمام بأوسع معناه، مقام مكنه من أن يمسك بيده زمام أمة، ويحركها نحو الخطة التي رسمها، ويسوقها في طريق المستقبل الذي هيأه لها.»
وظل الأستاذ الإمام يجاهد في سبيل الإصلاح والرقي، غير منهزم أمام جمود الجامدين، وظلم الظالمين، وكيد الكائدين، حتى ذهب إلى ربه يوم 8 جمادى الأولى سنة 1323ه/11 يوليه سنة 1905م رحمه الله تعالى.
وقد كتب الشيخ محمد عبده بقلمه في ترجمته لنفسه، ملخصا سيرته وأعماله بقوله: «ارتفع صوتي بالدعوة إلى أمرين عظيمين: الأول تحرير الفكر من قيد التقليد وفهم الدين على طريقة سلف الأمة قبل ظهور الخلاف، والرجوع في كسب معارفه إلى ينابيعها الأولى، واعتباره من موازين العقل البشري التي وضعها الله لترد من شططه، وتقلل من خلطه وخبطه، لتتم حكمة الله في حفظ نظام العالم الإنساني، وأنه على هذا الوجه يعد صديقا للعلم باعثا على البحث في أسرار الكون، داعيا إلى احترام الحقائق الثابتة، مطالبا بالتعويل عليها في آداب النفس وإصلاح العمل، وكل هذا أعده أمرا واحدا، وقد خالفت في الدعوة إليه رأي الفئتين العظيمتين اللتين يتركب منهما جسم الأمة: طلاب علوم الدين ومن على شاكلتهم، وطلاب فنون هذا العصر ومن هو في ناحيتهم.
وأما الأمر الثاني: فهو إصلاح أساليب اللغة العربية في التحرير، سواء كان ذلك في المخاطبات الرسمية بين دواوين الحكومة ومصالحها، أو فيما تنشره الجرائد على الكافة منشأ أو مترجما من لغات أخرى، أو في المراسلات بين الناس، وكانت أساليب الكتابة في مصر تنحصر في نوعين كلاهما يمجه الذوق وتنكره لغة العرب.