ألم الشيخ رئيس تحرير الجريدة الرسمية «الوقائع المصرية» في فصوله الكبيرة الفائدة القوية الروح بوجوه الإصلاح التي كانت تنبعث عزيمته إليها، فدعا إلى التعاون على الخير، وحبذ فكرة الحرية ورفع المظالم عن الأهالي، وعاب على الشعب كله، ونادى بإصلاح التعليم والتربية في المدارس، وحمل على الرشوة وأهلها، وبين أن الحق للقانون لا للقوة، وذم إسراف الأهالي وتمسكهم بظواهر المدنية مع الغفلة عن وسائل المدنية الصحيحة، وعالج إصلاح منتدياتنا وإصلاح بيوتنا، وذكر رأيه في خطأ العقلاء الذين يريدون الرقي طفرة ووثوبا.
ثم تعرض الأستاذ لنوع من الإصلاح الديني، شغف به في أدوار حياته الإصلاحية كلها ذلك هو تطهير الإسلام من البدع التي شوهت شعائره وجنت عليه، وهذه المقالات تجمع مبادئه الوطنية، ومذاهبه في الحرية، وطريقه في الإصلاح.
كان الشيخ وطنيا يرى أن خير أوجه الإصلاح للوطن هو تحقيق وحدته ليمتنع الخلاف والنزاع فيه، على أنه نصير للمبادئ التي تدعو إلى المحافظة العامة على دعائم السلام والإخاء بين الناس، وهو داع إلى الحرية، حرية العمل، ورفع سوط القسوة غير القانونية، بحيث لا يسخر أحد في عمل من الأعمال إلا فيما يعود بالمنفعة العامة على البلاد، أما سبيل الأستاذ في الإصلاح، فهي سبيل التدريج، يريد أن يحفظ للأمة عوائدها الكلية المقررة في عقول أفرادها، ثم يطلب بعض تحسينات فيها لا تبعد عنها بالمرة، فإذا اعتادوها طلب منهم ما هو أرقى بالتدريج، حتى لا يمضي زمن طويل إلا وقد انخلعوا عن عاداتهم وأفكارهم المنحطة إلى ما هو أرقى من حيث لا يشعرون.
وتأثر الشيخ بمبادئ أستاذه، ومع ذلك كان لمذاهبه الإصلاحية استقلال يجعل لها شخصية وحدها، ولقد كان حين توليه تحرير الجريدة حديث عهد بصحبة أستاذه، حديث عهد بالتخرج على يديه، وكانت له على هذا سبيل في الإصلاح ليست من كل وجه سبيل السيد جمال الدين؛ إذ كان السيد مشتعل الحماسة، يريد أن يلهب النفوس فيؤجج نارها، ثم يصوغ من ضعفها قوة، ومن ذلها عزا؛ كان يرى أن الثورات هي سبيل الإصلاح الاجتماعي والسياسي، أما الشيخ محمد عبده أيام تحرير الجريدة الرسمية فكان معلما مصلحا يطلب الأناة في دفع الأمم إلى الرقي، ليعلمها ويهذبها أولا، ثم يسوقها برفق إلى ما علمت.
ولقد كانت له وهو رئيس لتحرير الجريدة الرسمية يد عاملة في حركة الأفكار، ولم يكن ممن يدعون إلى الإصلاح من طريق الثورة عندما هبت أعاصير الثورة العرابية، ولما أن رآها قائمة لنصرة أغراض هي مبادئه ومبادئ أستاذه اتصل بها، وألقى في نارها حطبا، وقد حوكم مع زعمائها، وحكم عليه بالنفي ثلاث سنين وثلاثة أشهر، فسافر رحمه الله إلى سورية في حدود سنة 1299ه/1883م وأقام فيها سنة، وسافر إلى أوروبا على موعد بينه وبين أستاذه وصديقه السيد جمال الدين، فأقام فيها عشرة أشهر معظمها في باريس، وهناك أصدرا معا جريدة «العروة الوثقى» التي كان السيد الأفغاني مدير سياستها والشيخ محمد عبده محررها الأول.
وكانا ألفا جمعية من مسلمي الهند ومصر والمغرب وسورية، غرضها السعي في جمع كلمة المسلمين، وإيقاظهم من رقادهم، وإعلامهم بالأخطاء المحدقة بهم وإرشادهم إلى طريق مقاومتها، إلا أنه في آخر سنة 1301ه/1884م احتجبت الجريدة بعد ثمانية أشهر لقيت فيها كل مصادرة في الهند ومصر، وأخفق حلم السيد جمال الدين الأفغاني بإنشاء دولة إسلامية تنهض بالشرق نهوضا يزاحم الغرب بالمناكب ويحد من عدوانه.
ثم سافر الأستاذ إلى تونس فأقام فيها أياما، وسافر إلى بلاد أخرى متنكرا لتوثيق عقود العروة الوثقى السرية، وألقى عصا السير بعد ذلك إلى بيروت، فأقبل عليه أهل العلم والفضل من جميع الملل والطوائف، وكانت داره مدرسة يؤمها الأذكياء وعشاق المعارف والآداب، وقد وصلته روابط ود بمحيي الدين بك حمادة فتزوج بنت أخي هذا الصديق بعد وفاة زوجته الأولى.