ولما حضر إلى مصر السيد جمال الدين الأفغاني في سنة 1288ه/1871م صاحبه الأستاذ الشيخ محمد عبده؛ يحضر دروسه، ويلازم مجالسه التي كانت مجالس حكمة وعلم، وكان يومئذ فتى متأثرة عواطف قلبه الفتي بمنازع التصوف، ورياضاته ومواجده، وكان يتلقى علوم الأزهر على أنماطها المعروفة، شاعرا بأن وراءها كمالا علميا لا يجده فيما حوله. وكان السيد الأفغاني وحده قادرا على تخليص الشيخ محمد عبده من خموله الصوفي، وتخليصه من الحيرة في التماس الكمال العلمي؛ إذ كان السيد جمال الدين الأفغاني، الكبير بمواهبه الفطرية، وبسعة علمه، وحسن نظام فكره، وسمو مطامحه، وعلو نفسه القوية، المشتعلة حياة وعزما، والمملوء بالحوادث الجلى والآلام، قد صاحبه الشيخ محمد عبده تلميذا وصديقا منذ سنة 1288-1296ه/1871-1879م، وبعد سنتين من صحبة الشيخ محمد عبده للسيد جمال الدين ظهر لنا ذلك الشاب المتصوف، الذي كان ينطلق في القول على وجل إذا سأله العامة عن شيء من أمر دينهم في تلك المجامع التي كان يقوده إليها خال أبيه الشيخ درويش، مؤلفا جريئا يكتب رسالة سنة 1290ه/1873م، وفيها الكثير من المذاهب الفلسفية والصوفية.
وفي سنة 1292ه/1875م ألف الشيخ محمد عبده حاشيته على شرح الجلال الدواني للعقائد العضدية، ولم يكن يومئذ قد جاوز السادسة والعشرين من عمره، ولكنه ظهر فيها محيطا بمذاهب المتكلمين والفلاسفة المتصوفة إحاطة فهم ونقد، وقد ضمنها توضيحا لمختلف المذاهب في الإلهيات والنبوات.
وأول ما نشر على الناس من آثاره هو ما كتبه في جريدة «الأهرام» لبداية نشأتها سنة 1293ه/1876م وهي فصول سامية المنزع مشتملة على أصول الدعوة الإصلاحية التي صرف حياته في سبيلها، وقد استرعت تلك الفصول نظر الناس إلى ذلك الفتى الناهض إلى السابعة والعشرين من عمره نهضة المصلحين الكبار عاقلا جريئا.
وفي سنة 1294ه/1877م نال الشيخ محمد عبده الشهادة العالمية الأزهرية من الدرجة الثانية وهو ابن ثمان وعشرين سنة.
وأخذ يدرس كتب المنطق والكلام المشوب بالفلسفة في الجامع الأزهر، ويدرس في داره لبعض المجاورين كتاب «تهذيب الأخلاق» لابن مسكويه، وكتاب التحفة الأدبية في تاريخ تمدن الممالك الأوروبية، تأليف الوزير فرانسوجيزو، وتعريب الخواجة نعمة الله الخوري.
وفي أواخر سنة 1295ه/1879م نفي من مصر بمساعي الإنجليز السيد جمال الدين الأفغاني الذي كان عمله السياسي شجى في حلق ممثل إنجلترا بمقدار ما كان تجديده لدرس الفلسفيات غيظا للجامدين من أهل الأزهر، وعزل الشيخ محمد عبده من مدرسة دار العلوم ومدرسة الألسن، وأمر بأن يقيم في قريته «محلة نصر» لا يفارقها أبدا إلى بلد آخر.
في أوائل حكم الخديو توفيق حصلت هذه الحادثة، وكان الوزير الكبير رياض «باشا» خارج القطر، وهو الذي قد زين للسيد جمال الدين المقام في مصر، وأمده بالمعونة ليستعين بها على تربية شباب مصلح، وإذا كان الوزير الكبير قد عجز عن رد ما فات من نفي السيد الأفغاني، فما كان ليفوته أن ينتفع بتلاميذه، وما كان ليترك خليفة السيد جمال الدين منفيا في قرية من قرى البحيرة محرما عليه أن يخرج منها، فاستصدر له عفوا من الخديو سنة 1297ه/1880م، وعينه محررا في الجريدة الرسمية ثم جعله في آخر السنة رئيس تحريرها.
ولقد نهض الشيخ محمد عبده بحركة إصلاح هيأت له مساعدة رياض وسائلها، وأعانه عليها خيرة تلاميذ السيد جمال الدين الذين كانوا يشتغلون معه في تحرير الجريدة الرسمية، إلا أن صلة الأستاذ بالأزهر قد انقطعت يومئذ، فلم يعد معلما يريد أن يصلح طرق التعليم فيه، ويرشد أهله إلى العلوم الجديدة، ولكنه أصبح صحافيا يحاول الإصلاح الاجتماعي والسياسي على مبادئ الحرية والعدالة والشورى.