قضى الإمام نحو أربع سنين في بداية تكوينه الفكري بالجامع الأحمدي بطنطا - نسبة إلى السيد أحمد البدوي أشهر أولياء القطر المصري - وقد نبهت هذه السنوات عقله إلى البدع الدينية وعملها في العقول والأخلاق، بيد أنها مست أيضا بعض الجوانب من نفسه فتركت في منازعها المتسامية إلى الكمال والفهم موطن تأثر. قال الأستاذ فيما كتبه من تاريخ حياته: «وفي يوم من شهر رجب من تلك السنة (1282ه) كنت أطالع بين الطلبة وأقرر لهم «معاني شرح الزرقاني»، فرأيت أمامي شخصا يشبه أن يكون من أولئك الذين يسمونهم بالمجاذيب، فلما رفعت رأسي إليه قال ما معناه: ما أحلى حلواء مصر البيضاء! فقلت له: وأين الحلوى التي معك؟ فقال: سبحان الله! من جد وجد، ثم انصرف، فعددت ذلك القول إلهاما ساقه الله إلي ليحملني على طلب العلم في مصر دون طنطا.»

ذهب المجاور الشيخ محمد عبده بتصرفه إلى الأزهر في شوال سنة 1282ه فبراير سنة 1866م قبل ست سنوات من وضع الشيخ المهدي العباسي شيخ الأزهر أول قانون للتدريس فيه، وأراد الجيل العلمي الجديد في ذلك العهد أن يعرب كتبا أوروبية مكتوبة في الغالب بلسان فرنسي، ولم يجد من المصطلحات القديمة متسعا، فوضع عبارات محدثة، وأوجد أسلوبا جديدا لم يرض عنه الأزهريون، ومنذ يومئذ دخل إلى الأزهر التنازع بين القديم والجديد.

أما الروح السائدة في التعليم الأزهري فكانت على ما وصفها بعض علماء الفرنجة في قوله: «ولئن كانت أنماط التعليم والبحث في الأزهر تختلف عما هو مستعمل في الغرب الآن اختلافا أساسيا، فهي لا تختلف في شيء عن الأنماط التي كانت عندنا قديما.» وفي قوله: «أثر العلوم النقلية في قهر العقول الذي أخذ في التلاشي عندنا منذ قرون لا يزال في عنفوان سطوته في الجامعات الإسلامية.»

وليس الغرض من العلم عند أهل الأزهر يومئذ هو البحث للتحقيق والمقارنة والتمحيص، ولكنه النقل الصحيح لما ترك الأقدمون.

والمفروض أن الأجيال متراجعة إلى الانحطاط، والأجيال الحاضرة والمقبلة تتصل بعصر النبي

صلى الله عليه وسلم

من خلف إلى سلف، وأن الأئمة المجتهدين بعداء في عصور ذاهبة في أعماق الماضي لا يستطيع الحاضر أن يدرك غبارها.

ونسارع إلى بيان أن أستاذنا صرح في تفسير سورة «العصر» بفساد ما عليه الناس من ذم عصورهم، ونسبة ما شاءوا من الخير إلى ما كان قبلهم من العصور، كما صرح في كثير من أقواله وكتاباته بعيب التعليم الأزهري ومناهجه.

هذا وكان في الأزهر نفسه تدافع بين الشرعيين والصوفية؛ فأولئك كانوا يرون في الخروج عن العلوم النقلية المتداولة في الأزهر تمردا على الدين، وهؤلاء كانوا يطمحون إلى أنواع من المعارف التي لها مساس بالتصوف.

ودليل هذا التدافع ما ذكره الصوفي الأزهري الشيخ حسن رضوان المتوفى سنة 1310ه/1892م في منظومته المسماة «روض القلوب المستطاب»، وقد كان للشيخ المذكور مريدون بين علماء الأزهر وطلابه، منهم الشيخ حسن الطويل، والشيخ محمد البسيوني، وهما من أساتذة الشيخ محمد عبده، ومنهم الشيخ محمد عبده نفسه، وجماعة من إخوانه، وبذلك يظهر أن الشيخ حينما جاء إلى الأزهر انضم إلى حزب التصوف، وهو أقل الحزبين جمودا، وأقلهما نفرة من الجديد.

كان الأستاذ متصوفا مدة الدراسة مع شيوخه وزملائه، متصوفا في أيام المسامحات، مع خال أبيه الشيخ درويش خضر، حتى انطبع تفكيره بنوع من الخيال الصوفي الذاهب في الروحانيات إلى ما يجاوز مدى الفهم أحيانا.

انساق بعض الأساتذة في الأزهر إلى دراسة الفلسفة الإسلامية بحكم نزوعه إلى التصوف الإسلامي الذي صار متأثرا بمذاهب الفلسفة، وخصوصا مذهب أرسطو الذي يعتبر إماما لفلاسفة العرب، كما انساق بعضهم أيضا إلى مدارسة الأدب باعتباره من الفنون الجميلة، وقد كان الشيخ حسن الطويل والشيخ محمد البسيوني من أساتذة الشيخ محمد عبده، فهو كان متصلا بالحركة الصوفية المخلوطة بالفلسفة، وكان متصلا بالحركة الأدبية، على أنه لم يبعد كل البعد عن المحافظين على القديم، فحضر دروس زعمائهم المشهورين؛ كالشيخ عليش، والشيخ رفاعي، والشيخ الجيزاوي، والشيخ الطرابلسي، والشيخ البحراوي.