ولم يزل المترجم سائرا في طريقه المحمود ملحوظا بعين التبجيل من الحكام، وبين الخاص والعام، حتى ثارت الثورة العرابية المشهورة، ورأى فيه العرابيون أنه ليس بالرجل الذي يوافقهم ويساعدهم في مطالبهم، فكان من جملة ما طلبه عرابي باشا من الخديو لما زحف الجيش على قصر عابدين عزل المترجم من الأزهر، فعزل عنه في المحرم سنة 1299ه، وتولى بدله الشيخ محمد الإنبابي، وانفرد هو بالإفتاء، ثم اشتدت الثورة وجاهر العرابيون بطلب عزل الخديو، وكتبوا قرارا بذلك وقع عليه العلماء والوجهاء، وامتنع المترجم من التوقيع، وقال لحامل القرار: «أنا لا أوقع بيدي، فإذا كان في الأمر غصب فإن خاتمي معي خذوه ووقعوا أنتم بأيديكم كما تشاءون»، فانحرف عنه العرابيون وبثوا عليه العيون، حتى احتجب في داره التي على الخليج بالقرب من مدرسة الفخري المشهورة بجامع البنات، وتحامى الناس زيارته، وصار لا يخرج منها إلا لصلاة الجمعة في أقرب مسجد إليه.

ولما انتهت الثورة العرابية وعاد الخديو للقاهرة في 12 ذي القعدة من تلك السنة، ذهب الشيخ مع العلماء للسلام عليه وتهنئته، فخصه الخديو من دونهم بمزيد من الترحيب والرعاية، وكان بينهم الشيخ الإنبابي شيخ الأزهر، فلحظ ذلك، وخشي أن يعزله الخديو ليعيد العباسي، فاستقال بعد أيام، وأصدر الخديو أمره يوم الأحد 18 ذي القعدة بإعادة المترجم إلى الأزهر علاوة على منصب الإفتاء بيده، وفيما يلي نص ذلك الأمر الموجه من الخديو إلى رئيس النظار:

إنه بناء على استعفاء حضرة الأستاذ الشيخ محمد الإنبابي من وظيفة مشيخة الجامع الأزهر، ووثوقنا بفضائل وعالمية حضرة الأستاذ الشيخ محمد العباسي المهدي، قد اقتضت إرادتنا توجيه هذه الوظيفة لعهدته كما كانت قبلا، علاوة على وظيفة إفتاء السادة الحنفية المتحلي بها من السابق، وصدر أمرنا للمومى إليه بذلك في تاريخه، ولزم إصدار هذا لدولتكم إشعارا بما ذكر» في 2 أكتوبر سنة 1882م الموافق 18 ذي القعدة سنة 1299ه.

وكان بعض علماء الأزهر سعوا لتنصيب الشيخ عبد الهادي نجا الإبياري، وكتبوا كتابة بذلك، وأخذوا يوقعون عليها ويطوفون بها على العلماء، ففاجأهم الأمر بإعادة المترجم، وذهب سعيهم وتعبهم أدراج الرياح.

ثم استمر المترجم جامعا للمنصبين قائما بشئونهما أتم قيام، حتى كانت سنة 1304ه وفيها بلغ الخديو أن جماعة من الأعيان والتجار مثل محمد باشا السيوفي وأخيه أحمد باشا يجتمعون للسمر بدار المترجم في أغلب الليالي فيتكلمون في الأمور السياسية، ويظهرون أسفهم من وجود الإنجليز بمصر وموافقة الحكومة لهم فيما يحاولون، وغير ذلك من هذه الشئون، فحنق الخديو وأرسل من يحضرون إليه محمد باشا السيوفي فلم يجدوه بل وجدوا أخاه أحمد باشا، ومضى هذا معهم إلى القصر، فوبخه الخديو توبيخا شديدا، وقال له: «يخيل لي أنكم تريدون إعادة الثورة العرابية»، فتبرأ من ذلك، وحلف أن اجتماعهم لم يكن إلا بقصد السمر والائتناس.

ثم قابل الخديو المترجم في إحدى المقابلات الاعتيادية فلم يهش له كعادته، بل قال له وقت الانصراف: «يا حضرة الأستاذ، الأجدر بالإنسان أن يشتغل بأمور نفسه ولا يتدخل فيما لا يعنيه ويجمع الجمعيات بداره»، فما كان جواب المترجم إلا أن قال له: «إنني ضعفت عن حمل أثقال الأزهر وأرجو أن تعفوني منه»، ولم يكن الخديو يتوقع منه هذا الرد، فغضب وقال مستفهما: «ومن الإفتاء أيضا؟»

فقال له: «نعم ومن الإفتاء أيضا» ... ثم انصرف.

ولم يكن المترجم ممن يغرب عنهم أن مثل هذا السبب لا يدعو إلى الاستقالة خصوصا أن الخديو صرفه بالحسنى مع من اتهم معه، ولكن كان هناك سبب أقوى أغضب رئيس النظار نوبار باشا الأرمني؛ وذلك لحادثة رفعت عنها دعوى أمام المحاكم الأهلية، واقتضى الأمر طلب كشف وجه إحدى المخدرات للتحقق منها، فامتنعت عن الإسفار محتجة بعدم جوازه في الشريعة، واستفتي المترجم فأفتى بعدم الجواز، فشكاه رئيس النظار إلى الخديو ووصفه له بأنه أصبح عقبة أمام القضاة معارضا لأحكام القضاء، ثم طلب عزله فيما يقال أو يقيله الخديو من الوزارة.