ولم يقف توفيق طوبي عند هذا الحد، بل طالب بتشكيل لجنة شعبية موسعة للتحقيق في ملابسات الجريمة، هدفها كشف المسئولين وخلفيات الحادث الرهيب. والبت في السياسة الحكومية تجاه الجماهير العربية، على أن تقدم استنتاجاتها للكنيست والرأي العام. كما حذر طوبي من تشكيل محكمة صورية وسرية لا تأتي بالفائدة المرجوة.

ونجح لطيف دوري، النشيط في حزب مبام حينذاك، بالتسلل للقرية بعد ثلاثة أيام من وقوع المجزرة، وجمع شهادات الناجين من المذبحة من مصابين وناجين. وعمل بالتعاون مع صحافيين مثل أوري أفنيري، الذي حرر أسبوعية هعولام هزيه، ونخبة من المثقفين والأدباء اليهود على توزيع نشرة بعنوان كل شيء عن كفر قاسم كشفت الحقائق أمام الرأي العام. وتبع ذلك موجة عارمة من المقالات ورسائل القراء مطالبة بمحكمة علنية.

إزاء ردود الفعل هذه اضطر بن غوريون للتوجه للكنيست في 12 كانون الأول، وكشف الحقائق لأول مرة بعد شهر ونصف من تاريخ المجزرة، وعمل جاهداً لمنع أي نقاش في الموضوع على مستوى الكنيست أو الصحف متذرعاً بأن يمس أمن الدولة. وفي خطابه أمام الكنيست تأسف بن جوريون باسم الحكومة والشعب الإسرائيلي على المجزرة، وسرد تفاصيل الإجراءات التي اتخذت بحق الضباط الذين كان لهم ضلع بالمجزرة، وذكر التعويضات التي خصصت لعائلات الضحايا.

بعد أن اخترقت الحقائق الطوق الإعلامي، انتقلت القضية إلى المحكمة العسكرية التي افتتحت جلستها في 15 كانون الثاني 1957، وترأسها رئيس المحكمة المركزية في القدس، القاضي بنيامين هاليفي. ومثل أمامه 11 ضابطاً وجندياً من حرس الحدود، وعلى رأسهم المقدم ملينكي، والملازم جبرئيل دهان، وشالوم عوفر