استُنفر المقاتلون من المدينة فما وجد فيها غير ألف عُيّن عليهم أبو عبيدة الثقفي بن مسعود، وعهد إليه أيضاً بالقيادة العامة، وعاد المثنى نائباً لأبي عبيدة، تجمع المرتدون التائبون، ونظم هذا الجيش، وقاتل المثنى مع القائد العام الجديد في معارك عديدة منها "السقاطة"، "الجالينوس" الذي استشهد فيها قائد هذه الجبهة، وتولى المثنى ثالثة القيادة العامة، واستطاع الانسحاب من هذه المعركة دون وقوع خسائر كبيرة، وعبر الجيش الجسر، وأصيب المثنى بجرح، "البويب" ووصل بغداد وتكريت وعسكر "بذي قار". وهنا توفي متأثراً بجراحه.