وفي الفترة ما بين (1228 - 1260هـ /1807 - 1839م) وضع السلطان محمود الثاني أساس ما يسمى وزارة الأوقاف الإمبراطورية وهي نظارة الأوقاف الهمايونية (1)، بحيث يسند لمن يترأسها الإدارة والإشراف على الأوقاف السلطانية، وأوقاف الحرمين الشريفين في مكة والمدينة (2)، وبذلك جمعت الأوقاف تحت إدارة رسمية لتنظيم الأوقاف إدارياً، وقد ضمت هذه النظارة ثلاث إدارات هي: الوزنة، وإدارة الخدمة، وإدارة العرض. ثم اتسعت أعمال الأوقاف بعد ذلك، وضمت إليها إدارة التحريرات، وإدارة التجارة، وإدارة الأعمال اليومية (3).

وفي عام 1863م/1284هـ وضعت اللوائح لإدارة الأوقاف بواسطة الإداريين الإقليميين لها وأصبحت أساساً لإدارة الأوقاف حتى نهاية الحكم العثماني، وإن قد اعتراها بعض التعديل من حين لآخر (4)، وفي ظل ذلك حدثت تحولات كبيرة تكونت من خلالها ثلاثة أنواع من الأوقاف:

الأوقاف المضبوطة (المحكومة) وهي التي تديرها وزارة الأوقاف، وهذه تنقسم قسمين:

الأوقاف التي أنشأها السلاطين وعوائلهم كما تذكره الصكوك، وفي كل الظروف من حق السلاطين أنفسهم إدارة الأوقاف مباشرة، ويخوِّل السلطان وزير الأوقاف السلطانية لإدارة الوقف نيابة عنه.