عظيم وعرف بصفته معهداً علميّاً طبقت شهرته الآفاق وجاءه الطلبة كذلك من الناحية الغربية للبلاد ـ المغرب الأقصى والجزائر حالياً وحتى السودان. ولهذا أصبح جامع الزيتونة من أهم الجامعات العلمية بالمغرب الإسلامي.

... إلا أن الجامع عرف في القرن العاشر الهجريّ/ السادس عشر الميلاديّ، تقهقراً وانكماشاً في نشاطه العلمي نتيجة ضعف ثم سقوط الدولة الحفصية ودخول الإسبان إلى تونس، ثم أتى العثمانيون فأهملوا الجامع خلال الفترة الأولى لحكمهم. وكان ذلك ربما نتيجة لاعتماده المذهب المالكي، وهو ما يخالف المذهب الرسمي