غير أن الدعوة تركت المؤتمر الوطني العراقي في عام 1995 من ناحية بسبب نزاعات مع الأكراد, الذين كانوا يريدون أن يروا العراق يحول إلى اتحاد فضفاض, فيما كان "الدعوة" يحبذ دولة مركزية قوية. وبدورهم دخل الأكراد في حرب أهلية مريرة الوقت نفسه تقريباً, وتمزق المؤتمر الوطني العراقي نتيجة لهذا التقاتل الداخلي. ونأت وكالة المخابرات المركزية (السي. آي. إي) ووزارة الخارجية بنفسيهما تدريجياً عن حزب المؤتمر الوطني, بسبب أموال لم يكن بالإمكان تحديد أوجه صرفها, على الرغم من أن المؤتمر الوطني العراقي والشلبي ظلا يتمتعان بتقدير بول وولفويتز ومحافظين جدد آخرين. وتحسنت مقادير المؤتمر الوطني حينما استرد المتشددون السيطرة على وزارة الدفاع في عام 2001. وفي أعقاب 11 أيلول / سبتمبر تمكن الشلبي من أن يعيد تشكيل ائتلاف من المجلس الأعلى للثورة الإسلامية والجماعات الكردية وغيرهما, على الرغم من أن حزب الدعوة ظل بعيداً عنه بشكل عام.