وعلى الرغم من أن آية الله روح الله الخميني طور نظريته في ولاية الفقيه بينما كان منفياً في النجف (1964-1978) إلا أن هذه النظرية لم تكتسب شعبيتها بصورة فورية بين معظم رجال الدين هناك, وكانت النجف لزمن طويل مركزاً للتعليم الديني والفقه الشرعي, وكان الشيعة بوجه عام يتبعون مرجعها الفكري – الذي يوصف ببحث الخارج (المقصود خارج النصوص) – في أمور الشريعة. ويؤمن الشيعة من هذا الفرع بأن خلفاء النبي محمد أو الأئمة هم ابن عمه وزوج ابنته علي والأحد عشر المتحدرين من نسل علي وابنة النبي فاطمة. وهم يؤمنون بأن الثاني عشر بين هؤلاء الأئمة قد اختفى في عالم مفارق وسيعود منه يوماً. وفي غياب الإمام الثاني عشر, فإن التيار الرئيس للتقليد الشيعي قد انتقل تدريجياً إلى فقهاء مدربين كقادة لهم.