1-…الاستعلاء القومي: إذ يرى بعض الشيعة العرب أنّ "ولاية الفقيه" تمثّل البعد القومي الفارسي الاستعلائي, وأنّ المشروع الإيراني في هذا الإطار سيجعل من المراجع الشيعية العربية الكبرى مجرّد "خدم" للمنظومة الدينية الإيرانية المتمثّلة بالتشيّع "الصفوي" – راجع في هذا المجال كتاب "علي شريعتي" التشيع العلوي والتشيع الصفوي. وحتى إنّ إيران لم تكتف بالتشيع "الصفوي", فاخترقت المرجعية العربية من خلال تنصيب إيرانيين عليها يدّعون عدم موافقتهم على مبدأ الولي الفقيه لكنهم ينفذون أجندة إيران السياسية والطائفية والمصلحية بامتياز, وآية الله الإيراني السيستاني مثال صريح و واضح على ذلك.

2-…تضارب المصالح: إذ لا بدّ لنا أن نأخذ بعين الاعتبار وجود حد معين من تضارب المصالح فيما يتعلّق بمدرسة المرجعيّة, إذ أنّ إيران تسعى إلى نقل الثقل الأساسي من مدرسة النجف التاريخية إلى مدرسة "قم" ما يكرّس إيران كمرجع أساسي لشيعة العالم من الناحية الفقهيّة والمذهبيّة والسياسية, مع ما يترافق من تضارب في المصالح السياسية والاقتصادية والمالية المتعلّقة في الخمس وغيره.