وهذه نماذج من مباحثه تلك واختياراته التي انفرد بطائفة منها وخالف جمهور القراء ونبدؤها بأهم مسألة من أصول رواية ورش احتدم فيها الخلاف بينه وبين بعض أئمة هذا الشأن في زمنه.

1- مذهبه في ترقيق اللام من اسم " الله " بعد الحركة الممالة في نحو " نرى الله " والراء المرققة في نحو " ولذكر الله أكبر", ونحو " أفغير الله تأمروني أعبد".

قال صاحبه أبو عبد الله المنتوري بعد تقرير مذهب الجمهور:" وأخذ علي شيخنا الأستاذ أبو عبد الله القيجاطي – رضي الله عنه – بترقيق اللام من اسم الله تعالى لورش إذا كانت قبلها فتحة ممالة أو ضمة ممالة نحو "أفغير الله " و " لذكر الله" وشبههما, لأن الفتحة والضمة الممالتين حكمهما حكم الكسرة الخالصة كما تقدم في باب الراءات, فإذا كانتا تخرجان الراء عن أصلها وهو التفخيم إلى الترقيق فأحرى وأولى أن تبقى اللام التي أصلها الترقيق معهما على أصلها, لأن سبب التفخيم قد عارضه ما هو أقوى منه وهو الخروج من تسفل إلى تفخيم".