لقد حاول (اولجايتو) (1) أحد حكام الدولة الإيلخانية نشر المذهب الشيعي فكتب له ذلك في إيران، وجاء الصفويون فتابعوا خطته ونجحوا في إيران إلا أنهم فشلوا في خراسان كما عجز (أولجايتو) من قبلهم، وهكذا دائت فارس بالمذهب الشيعي، بينما بقيت خراسان تتبع مذهب أهل السنة والجماعة إلى الآن.
عادت مرة أخرى الجماعات تتقاتل في خراسان ومن كتب له النصر سيطر على أجزاء منها، فقد حكم (الأفشار (1)) خراسان ثم تقاسموها مع الأفغان، ثم حكم (القاجار (2)) الأجزاء الغربية منها وتقاسموها مع الأفغان، بينما استقلت طخارستان (بلخ).
امتد حكم القاجار على الأجزاء التي تتبع إيران اليوم،
(1) اولجايتو بن ارغون بن اباقاخان بن هولاكو، احد حكام الدولة الايلخائبة، شب على النصرانية، ثم اعتنق الإسلام على المذهب الشيعي وعمل على نشره، وعرف باسم (محمد خدابنده) حكم الدولة الايلخانية 70 - 713 ه، ومن بعده اصبح الدين الإسلامي السائد في دولة الخانات الفرس.
(1) الافشار: اسسي دولتهم (طهماسب قولي خان» ثم خلفه (نادر شاه) الذي غزا افغانستان، وتوغل في الهند، واستولي على بخاري، واراد ان يعبد مذهب السنة الى ايران، ولكنه فشل إذ قتل عام 1193 ه. ا
(2) القاجار: اقام دولتهم (آقا محمد) عام 1193 ه بعد فترة فوضى سادت البلاد بعد مقتل (نادر شاه) وكانت افغانستان قد استقلت، وكذا جورجيا، واخذت الدولة العثمانية جزءا من (اذربيجان)، وسيطرت روسيا على (بخاري) و (سمر قند)، واستمر حكم (القاجار) حتى عام}} 13 ه.