ونازعها الغوريون على الأجزاء الباقية، واستمرت هذه الدولة حتى اجتاح المغول المنطقة بقيادة جنكيز خان عام 918 ه، فأصاب المنطقة ما أصابها من دمار وخراب، وبعد جنكيز خان تقاسم أبناؤه إمبراطوريته الواسعة فتأسست الدولة الإيلخانية في فارس وحکمت أكثر أجزاء خراسان، وقامت الدولة (الجغطائية) في بلاد ما وراء النهر وحكمت منطقة طخارستان التي حاضرتها مدينة (بلخ)، بينما كانت هراة في حكم (الكرت) الذين مرکزهم بلاد الأفغان.

ضعفت الدولة الإيلخانية، وفي الوقت نفسه قام تيمور في (سمر قند) بلاد ما وراء النهر وجمع حوله التتار واتجهوا نحو الغرب فاجتاحوا المنطقة عام 784 ه، واستمرت أسرته تحکم المنطقة حتى عام 900 ه حيث حصل النزاع بين خلفاء (تيمور) و (التركمان) الذين ظهروا في شرقي بحر الخزر، ومع (الأوزبك) الذين سيطروا على أجزاء خراسان كافة، وينتمي (التركمان) و (الأوزبك) إلى العنصر التركي الذي كان يندفع نحو الجنوب الغربي باستمرار فيدخل بلاد ما وراء النهر، ويعتنق الإسلام: ثم يتوزع في تلك الأرجاء، وتستقر قبيلة في منطقة معينة تحمل اسمها مع الزمن. وسيطر (الأوزبك) على خراسان. وعندما تأسست الدولة (الصفوية) امتد نفوذها حتى شمال خراسان وانزاح (الأوزبك) عن مواقعهم ولم يبق لهم من خراسان سوي بقاع ضيقة جنوبي و غربي نهر جيحون •