هذه الخطوات أزعجت المسئولين الأفغان، ونشبت أزمة حادة بين البلدين على خلفية هذا الأمر، خاصة مع حديث الأفغان تعرض اللاجئين لسوء المعاملة والعنف أحيانا من قبل المسئولين الإيرانيين.

وفي استجابة لتزايد حدة التوتر صعدت طهران من لغة خطابها؛ فقد أعلن بور محمدي أن تزايد عدد اللاجئين الأفغان في إيران كان نتيجة لـ"الوجود العسكري الأمريكي المكثف" في أفغانستان، ولانتشار قوات حلف شمال الأطلسي.

ونتيجة لهذه الأزمة بدأ البلدان محادثات للتوصل إلى حل؛ ففي 13 مايو 2007 وصل نائب وزير الخارجية الإيراني لمنطقة آسيا والمحيط الهادي ودول الكومنولث، مهدي سفاري، إلى كابل لإجراء محادثات مع الرئيس الأفغاني حامد كرزاي، وقال سفاري: إن "الرئيس الإيراني أحمدي نجاد قد وافق على العودة التدريجية والمنظمة للاجئين الأفغان لوطنهم"، وبعد أسبوعين أعلن الناطق باسم كرزاي، كريم رحيمي، أن المسئولين الإيرانيين قد وافقوا على وقف عملية العودة الإلزامية لثلاثة أشهر.

ورغم ذلك استمرت جهود الترحيل في بعض المحافظات الإيرانية، فعلى سبيل المثال أعلنت الشرطة في محافظة "سيستان وبلوشيستان" أنها طردت ما يقرب من 74.597 من الأجانب منذ 21 أبريل 2007، وفي 21 يونيو أعلن حاكم "زهدان" -عاصمة محافظة "سيستان وبلوشيستان"- أن بدء المرحلة الثانية من مشروع ترحيل الرعايا غير الشرعيين من زهدان بحلول 22 يونيو.

وليس من الواضح تماما ما وصلت إليه الخطة الإيرانية لطرد مليون أفغاني غير شرعي من إيران بحلول مارس 2008، غير أن الحركة الفعلية للاجئين الأفغان على الحدود قد تباطأت، إلى جانب أن منظمة الهجرة الدولية قد أعلنت أن إيران طردت ما يقرب من 130 ألف أفغاني منذ 21 أبريل 2007.