في 11/12/2006 فَصَلَ أمين سر الحركة العقيد أبو موسى (مقيم في دمشق) مساعده أبو خالد العملة على خلفية اتهامه بالارتباط بـ«فتح الإسلام». فيما قامت السلطات السورية باحتجاز العملة. أصدرت الحركة بياناً قالت فيه إن سبب فصل العملة هو «تصرفه الفردي المسيء لسمعة الحركة بإدخاله في قواعدها من دون علم القيادة، تنظيمات تكفيرية مشبوهة وإمدادها بالسلاح وبطاقات الحركة وتمكينهم من السيطرة على بعض مواقعها، مما ترتب على ذلك نتائج مسيئة للحركة ومقاتليها وتحالفاتها».

ثارت احتجاجات واسعة في صفوف الحركة على خلفية هذا الفصل، وما تبعه من فصل أمين سر إقليم الأردن إبراهيم عجوة الملقب أبو يافا، لرفض الأخير وأبو العملة «نشر التشيع» داخل أوساط فتح الانتفاضة بتمويل إيراني ودعم سوري وتوجيه ومساندة من خالد مشعل، وموسى أبو مرزوق. بالإضافة لسعي مشعل وأبو مرزوق ودمشق وطهران لإمداد «فتح الإسلام» بالمال والسلاح عن طريق فتح الانتفاضة - فرع لبنان، على أن يتبنى أبو العملة وأبو يافا تلك العملية.

يذكر أن أبو يافا هو عضو مجلس ثوري في فتح الانتفاضة، ومن المقربين من أبو خالد العملة وكلاهما يميلان للإسلام المعتدل على خلاف مشعل وأبو مرزوق.

تراجع أمين سر فتح الانتفاضة أبو موسى لاحقاً عن عملية الفصل المتخذه بحق أبو يافا تحت ضغط الاحتجاج الواسع. وعلى خلفية الإقالات القسرية قدم القيادي البارز في فتح الانتفاضة أبو فاخر عدلي الخطيب استقالته، تضامناً مع رفيقيه أبو العملة وأبو يافا، ما أثار غضب الحركة وإعلانها رفض قرار الاستقالة لأن الخطيب يعتبر عِماد الحركة السياسي والإعلامي والتنظيمي.

عاد أمين سر فتح الانتفاضة أبو موسى بعد استتباب الوضع إلى عمليات فصل واسعة وإعادة تشكيل أدت إلى إعلان أعضاء الحركة في فلسطين بياناً يدين قيادة الحركة ويعتبر أنها تسعى إلى تدميرها.