في تلك الأثناء أجازوا لمحمد الصدر إقامة شعائر صلاة الجمعة, بينما لم يسمحوا لآية الله السيستاني بإقامة الصلاة في مسجد الخضراء, وبرروا ذلك على أنه بقصد إعادة إعمار المسجد في حين أدرك الجميع الكذبة وأن الهدف هو عرقلة آية الله السيستياني, كما كان ضمن أهدافهم, الهيمنة على المدارس الشيعية وتعليم الطلاب الجدد طبقاً لنفس الفكرة.

وكان معظم الطلبة الذين تم قبولهم في هذه المدارس, طلبة مبتدئين ومن الشباب غير المؤهل للعمل والتحصيل.

ومع الإمكانيات التي وفرها النظام البعثي لمحمد الصدر, تزايدت أعداد مقلديه في العراق, خاصة وأن الصدر اتسم بالعطف ومساعدة الناس وتقديم خدمات عامة, وفي هذا الاتجاه نجح في اجتذاب أعداد كبيرة فبلغ مقلدوه 70 % من شيعة العراق. من ناحية أخرى, سعى الصدر من أجل دعم نفوذه على المدارس ومنها ما كان تابعاً للمدرسة الباكستانية, فمنذ أربعة عقود أرسل عدد من الشيعة الباكستانيين أموالاً من اجل إنشاء مدرسة للطلاب الباكستانيين إلى آية الله الحكيم, وبعد أن تم بناؤها تولى حفيده رسمياً مهمة إدارتها وهو آية الله محمد سعيد الحكيم, وعندما سعى محمد الصدر من أجل بسط نفوذه على الحوزة أقدم بعض تابعيه على احتلال هذه المدرسة.

وقد تم نشر تقارير خلال سنوات ما بعد انتفاضة الشيعة في العراق عام 1991 تفيد بأن أي شخص يتحدث عن مرجعية غير السيد محمد الصدر يكون بذلك قد حفر قبره بيديه.

لا زال بعض علماء النجف يحتفظون بهذا التقرير معتقدين أن محمد الصدر كان هو ناشره, وكان قد خيَّر الشيعة أن يظلوا تابعين له أو يصبحوا أعداءً له.