قالت : فجاء رسول الله صلى الله عليه وسلم ، فاستأذن، فأذن له فدخل. فقال النبي صلى الله عليه وسلم لأبي بكر : " أخرج مَنْ عندك " . فقال أبو بكر : إنما هم أهلك، بأبي أنت يا رسول الله . قال : " فإني قد أذن لي في الخروج ". فقال أبو بكر : الصحبة بأبي أنت يا رسول الله ؟ قال رسول الله صلى الله عليه وسلم : " نعم" .
ثم أبرم معه خطة الهجرة، ورجع إلى بيته ينتظر مجيء الليل . وقد استمر في أعماله اليومية حسب المعتاد حتى لم يشعر أحد بأنه يستعد للهجرة، أو لأي أمر آخر اتقاء مما قررته قريش .
غادر رسول الله صلى الله عليه وسلم بيته، وأتى إلى دار رفيقه - وأمنّ الناس عليه في صحبته وماله - أبي بكر رضي الله عنه . ثم غادر منزل الأخير من باب خلفي، ليخرجا من مكة على عجل وقبل أن يطلع الفجر .
ولما كان النبي صلى الله عليه وسلم يعلم أن قريشًا سَتَجِدُّ في الطلب، وأن الطريق الذي ستتجه إليه الأنظار لأول وهلة هو طريق المدينة الرئيسي المتجه شمالاً، فسلك الطريق الذي يضاده تمامًا، وهو الطريق الواقع جنوب مكة، والمتجه نحو اليمن. سلك هذا الطريق نحو خمسة أميال، حتى بلغ إلى جبل يعرف بجبل ثَوْر، وهو جبل شامخ، وَعِر الطريق، صعب المرتقى، ذو أحجار كثيرة، فحفيت قدما رسول الله صلى الله عليه وسلم، وقيل : بل كان يمشى في الطريق على أطراف قدميه كي يخفي أثره فحفيت قدماه. وأيا ما كان فقد حمله أبو بكر حين بلغ إلى الجبل، وطفق يشتد به حتى انتهي به إلى غار في قمة الجبل، عُرف في التاريخ بغار ثور .
ولما انتهيا إلى الغار قال أبو بكر : والله لا تدخله حتى أدخل قبلك، فإن كان فيه شيء أصابني دونك! فدخل فكسحه، ووجد في جانبه ثقبًا فشق إزاره وسدها به، وبقى منها اثنان فألقمهما رجليه، ثم قال لرسول الله صلى الله عليه وسلم : ادخل. فدخل رسول الله صلى الله عليه وسلم، ووضع رأسه في حجره ونام. فلدغ أبو بكر في رجله من الجحر، ولم يتحرك مخافة أن ينتبه رسول الله صلى الله عليه وسلم، فسقطت دموعه على وجه رسول الله صلى الله عليه وسلم، فقال : " ما لك يا أبا بكر "؟ قال : لُدغت، فداك أبي وأمي. فتفل رسول الله صلى الله عليه وسلم، فذهب ما يجده .
وكَمُنَا في الغار ثلاث ليال. وكان عبد الله بن أبي بكر يبيت عندهما . قالت عائشة : وهو غلام شاب ثَقِف لَقِن، فيُدْلِج من عندهما بسَحَرٍ، فيصبح مع قريش بمكة كبائت، فلا يسمع أمرًا يكتادان به إلا وعاه حتى يأتيهما بخبر ذلك حين يختلط الظلام.
أما قريش فقد جن جنونها حينما تأكد لديها إفلات رسول الله صلى الله عليه وسلم صباح ليلة تنفيذ المؤامرة . فأول ما فعلوا بهذا الصدد أنهم ضربوا عليًا، وسحبوه إلى الكعبة، وحبسوه ساعة، علهم يظفرون بخبرهما .
ولما لم يحصلوا من عليّ على جدوى جاءوا إلى بيت أبي بكر وقرعوا بابه، فخرجت إليهم أسماء بنت أبي بكر، فقالوا لها : أين أبوك ؟ قالت : لا أدرى والله أين أبي ؟ فرفع أبو جهل يده - وكان فاحشًا خبيثًا - فلطم خدها لطمة طرح منها قرطها .
وقررت قريش في جلسة طارئة مستعجلة استخدام جميع الوسائل التي يمكن بها القبض على الرجلين، كما قررت إعطاء مكافأة ضخمة قدرها مائة ناقة بدل كل واحد منهما لمن يعيدهما إلى قريش حيين أو ميتين، كائنًا من كان . وقد وصل المطاردون إلى باب الغار، ولكن الله غالب على أمره. روى البخاري عن أنس عن أبي بكر قال : كنت مع النبي صلى الله عليه وسلم في الغار، فرفعت رأسي فإذا أنا بأقدام القوم. فقلت : يا نبي الله! لو أن بعضهم طأطأ بصره رآنا . قال : " اسكت يا أبا بكر، اثنان، الله ثالثهما" ، وفي لفظ : " ما ظنك يا أبا بكر باثنين الله ثالثهما" .
وقد كانت معجزة أكرم الله بها نبيه صلى الله عليه وسلم، فقد رجع المطاردون حين لم يبق بينه وبينهم إلا خطوات معدودة . وحين خمدت نار الطلب، وتوقفت أعمال دوريات التفتيش، وهدأت ثائرات قريش بعد استمرار المطاردة الحثيثة ثلاثة أيام بدون جدوى، تهيأ رسول الله صلى الله عليه وسلم وصاحبه للخروج إلى المدينة .