وقد تَكَوَّن أول مجلس عند تأسيسها برئاسة الشيخ عبدالظاهر أبو السمح×ثم خلفه مجلس آخر برئاسة فضيلة الشيخ عبدالله بن عبدالغني خياط إمام وخطيب المسجد الحرام×.

وفي عام 1390هـ رفع التماس من المجلس إلى الملك فيصل بضم الدار إلى الجامعة الإسلامية في المدينة فوافق×وكان هذا العمل من آخر أعمال المجالس.

وفي عام 1405هـ أعيد تكوين مجلس إدارة الدار إلى أن تَكَوَّن المجلس الأعلى الحالي بمشورة سماحة الشيخ عبدالعزيز بن باز×.

وقد تكون المجلس من التالية أسماؤهم:

1_سماحة الشيخ عبدالعزيز بن عبدالله بن باز رئيساً.

2_صاحب الفضيلة الشيخ صالح بن محمد التويجري نائباً للرئيس.

3_صاحب الفضيلة الشيخ محمد بن عبدالله السبيل عضواً.

4_صاحب الفضيلة الشيخ عبدالله بن عبدالرحمن البسام عضواً.

5_صاحب الفضيلة الشيخ عبدالله بن سليمان المنيع عضواً.

6_صاحب الفضيلة الشيخ عبدالله بن عبدالرحمن العقلا عضواً.

7_صاحب الفضيلة الشيخ صالح بن عبدالله بن محمد بن حميد عضواً.

8_صاحب الفضيلة الشيخ محمد عمر عبدالهادي عضواً

9_صاحب الفضيلة الشيخ صالح بن يوسف الزهراني عضواً.

10_صاحب الفضيلة الشيخ علي عامر عقلان عضواً.

4_ منذ أن تولى سماحة الشيخ عبدالعزيز×رئاسة المجلس الأعلى للدار وهو الذي يسعى لها، ويجمع أجرتها، ورواتب مدرسيها وطلبتها، وكل ما يتعلق بها.

5_ وبواسطة هذه الدار توزع الصدقات على الفقراء والمساكين من رجال ونساء؛ حيث يرسل سماحته الصدقات إلى مدير الدار الشيخ علي ابن عامر عقلان الأسدي، وبعد التأكد من حاجات مستحقيها تدفع لهم.

6_ وبعد وفاة الشيخ علي بن عامر×عام 1418هـ وُكِل أمر توزيع الصدقات والرواتب إلى فضيلة الشيخ جا بر بن محمد المدخلي الأمين العام للتوعية الإسلامية في الحج.